Анализ ЯМР-файла

Сравнение трех водородных связей в структурах белка, расшифрованных с помощью ЯМР и РСА

Для анализа были выбраны структуры 1AFH (ЯМР, 15 моделей) и 1FK0 (РСА, 1,8 Å)

Рис.1 Наложение РСА(синий) и ЯМР(зеленый) структур.

Были выбраны следующие водородные связи:

• VAL'60---LEU'63 (в петле на поверхности белка)
• CYS'50---LYS'54 (остовная в α-спирали)
• ASN'93---ARG'46 (с участием аминокислотных остатков)

Рис.2 Выбранные водородные связи. Зеленая - в петле, оранжевая - в α-спирали, белая - с участием а.о.

Рис.3 Водородная связь в петле

Рис.4 Водородная связь в α-спирали

Рис.5 Водородная связь между а.о.

По полученным результатам можно сказать, что водородные связи на поверхности глобулы (в петле) встречаются не во всех моделях ЯМР, из-за подвижности молекулы.
Водородные связи в остове внутри глобулы более стабильны, хотя уступают водородным связям между аминокислотными остатками.