Определение вторичной структуры


Выбранная структура: 1E5K полученная методом РСА c разрешением 1,35 ангстрем.



Рис.1 Структура 1e5k

Предсказание вторичной структуры строилось сервисом DSSP. Выдача доступна по ссылке.


Далее были выбраны 2 альфа-спирали и 2 бета-листа для сравнения их границ в PDB и предсказзанием DSSP



Рис.2 Вторичные структуры в PDB



Вывод: Предсказанные границы альфа-спиралей в обоих случаях короче на 1 остаток с обоих концов, а бета-листы предсказаны с абсолютной точностью. В целом предсказние хорошее.


Назад к странице седьмого семестра.


© Григорий Сафронов