С помощью CluD были проанализированы гидрофобные кластеры белка 1E5K. При дефолтных параметрах (порог расстояния - 5,4 ангстрема; порог атомов в кластере - не менее 3) было обнаружено 4 кластера из 375, 5, 3 и 3 атомов.
Рис.1 Гидрофобные кластеры 1E5K
Маленькие кластеры скорее всего не имеют биологического смысла, а крупный выглядит слишком рыхлым. Тогда порог расстояния был уменьшен до 4,5 ангстрема, а порог атомов в кластере увличен до 20. Маленькие кластеры пропали, а большой распался на 3 кластера в 142, 134 и 37 атомов.
Рис.2 Гидрофобные кластеры 1E5K
По результатам визуального анализа можно сказать, что полученные гидрофобные кластеры вкладываются в структуру белка и выглядят правдоподобно.
Также были найдены гидрофобные кластеры для ДНК-белкового комплекса 1DDN при параметрах порога расстояния 4,5 ангстрема и порога числа атомов в кластере - 20. Было обнаружено 8 кластеров, 2 из которых принадлежит ДНК.
Рис.3 Гидрофобные кластеры 1DDN