При помощи сервиса PDBeFold были найдены структурные гомологи цепи А 1HMR. Для дальнейшего анализа были выбраны три структуры со следующими параметрами:
| PDB_id | Chain | RMSD | %sec |
| 3fr5 | A | 0,80 | 64 |
| 5bvq | A | 0,92 | 57 |
| 1jjx | A | 1,16 | 65 |
С помощью PDBeFold было получено множественное выравнивание выбранных белков.
Выравнивание последовательностей, построенное по структурам
Совмещенные структуры
Рис.1 Совмещение структур
Также было построенно множественное выравнивание выбранных гомологов программой Muscle
Рис.2 Выравнивание по структуре
Рис.3 Выравнивание построенное программой Muscle
Единственное отличие между выравниваниями наблюдается около 50 позиции. Muscle выравнивает аспартаты в 48 позиции, но в структурном есть гэпы в одной последовательности. Если посмотреть на совмещение структур в 48 позиции, то можно увидеть, что одна из структур не вписывается в другие только в этой позиции.
Рис.4 Отличие в структурном выравнивание и выравнивание, построенном программой Muscle
Рис.5 Структурное выравнивание около позиции 50
Была выбрана структура (2F53 region d:115-191) константного домена T-клеточного рецептора из цепи альфа и (2BNU region b:114-242) из цепи бета.
При помощи сервера SheeP были построены карты бета-листов доменов из альфа и бета цепей.
Рис.6 Карта бета-листа для цепи альфа Т-клеточного рецептора
Рис.7 Карта бета-листа для цепи бета Т-клеточного рецептора
На каждой карте была выбраны консервативные остатки цистеина: для альфа цепи - Cys136, для бета цепи - Cys143.
Совмещение структур производилось по бету-листу, содержащему консервативный цистеин - pymol session.
Выравнивание произовдилось следующими командами:
select alpha, bs and resi 123-125+135-137+176-179 in chain D and name CA
select beta, bs2 and resi 124-126+142-144+189-191 in chain B and name CA
pair_fit alpha, beta
Рис.8 Структурное выравнивание цепей альфа и бета Т-клеточного рецептора
Выравнивание неплохое, Направление цепей в целом совпадает, но ход петель расходится
Назад к странице седьмого семестра.