Гомология и выравнивание. Домены. JalView.
1-2. Выбор семейства белковых доменов.
Транскрипционный фактор WhiB необходим для роста и спорообразования.
В 3D структуре домена есть 4 спирали, которые формируют NO-распознающий центр, который регулирует фактор вирулентности ESX-1. Большинство 3D структур описаны как комплексы с другими транскрипционными факторами.
Домен распространен среди бактерий только у актиномицетов; встречается у некоторых вирусов (Heunggongvirae), а также есть последовательности с неопределенными таксонами.
| Таблица | Информация |
|---|---|
| AC pfam | PF02467 |
| ID pfam | Transcription factor WhiB |
| SEED | 61 |
| All | 11848 |
| SW | 25 |
| architectures | 35 |
| 3D | 14 |
| Taxonomy | eukaryota - 0; archaea -0; bacteria - 26965. |
3. Описание выравнивания белковых доменов (seed) с точки зрения гомологичности всех последовательностей или их подмножества.
| Таблица | Информация | Комментарии |
|---|---|---|
| Выравнивание seed | 61 последовательностей, 104 колонки. | |
| МДБ-all | 48 или 52, или 60. | В выравнивании нет блока с длиной более 1, который включал бы все последовательности: есть колонки 48, 52, 60, которые содержат только цистеин. Любая из них может быть принята за максимальный блок достоверного выравнивания. |
| 100% консервативные колонки в МДБ-all | 48:С, 52:С, 60:С | |
| МДБ-notAll | колонки 1-7, последовательности от 1 до 18. | указанный МДБ соответствует всем критериям, однако есть и абсолютно консервативный блок: 86-91, он меньше, но консервативность выше. |
| 100% консервативные колонки в МДБ-notAll | 1:W, 7:C, 44:A, 48:С, 52:С, 60:С, 86:[GVWGGL], 101:R | |
| Участок выравнивания, в котором нет никаких достоверных подблоков, и потому маловероятно, что выравнивание на этом участке отражает ход эволюции. | колонки 18-46 |
Выравнивание белковых доменов.
4. Карта локального сходства (dotplot) двух последовательностей с одним и тем же доменом, но с разной доменной архитектурой.
| Таблица | Информация |
|---|---|
| Доменная архитектура 1 | PF02467 |
| Белок с архитектурой 1 | Q05429 |
| Доменная архитектура 2 | PF02467 - PF02178 |
| Белок с архитектурой 2 | Q6MX01 |
Dotplot двух последовательностей с одним и тем же доменом, но с разной доменной архитектурой:
На карте локального сходства 2 отрезка, они отражают наличие локального выранивания (эти участки гомологичны). Также есть разрыв - это вставка в одну из последовательностей длиной 4 нуклеотида, либо делеция длиной 4 нуклеотида в другой последователньости.