Cравнительный анализ канонической ДНК и стеблей тРНК.
Задание 1.
С помощью программы fiber пакета 3DNA были построены A-, B- и Z-формы дуплекса ДНК. Используемая команда для построена А-формы дуплекса ДНК:
fiber -seq=GATC -rep=5 -a gatc-a.pdb
Задание 2.
С помощью программы NGLview были открыты файлы со сгенерированной А-формой ДНК:
А также с pdb структурой той же формы (3v9d):
Выбранное азотистое основание - B/DG`6 (красным отмечены атомы, смотрящие в сторону большой бороздки, синим - в сторону малой):
В сторону большой бороздки обращены атомы g8.o6, g8.c6, g8.c5, g8.n7, g8.c8. В сторону малой бороздки обращены атомы g8.n2, g8.n3, g8.c4, g8.c2.
| A-форма | B-форма | Z-форма | |
|---|---|---|---|
| Тип спирали (правая или левая) | правая | правая | левая |
| Шаг спирали (Å) | 28 | 33.8 | 42.8 |
| Число оснований на виток | 11 | 10 | 12 |
| Ширина большой бороздки | 15.8(A/DT`7 - B/DG`11) | 17.6(A/DC`3 - B/DA`18) | 17.2(A/DC`5 - B/DC`11) |
| Ширина малой бороздки | 11.5(A/DG`6 - B/DC`3) | 10.0(B/DC`21 -A /DT`8) | 8.2(B/8MG`10 - A/DG`6) |
Задание 3.
Для исследования параметров структур нуклеиновых кислот была обработана структура 1J1U с помощью пакета 3DNA, программ find_pair, analyze:
wget https://files.rcsb.org/download/1J1U.pdb .
remediator --old 1J1U.pdb > 1J1U_old.pdb
find_pair -t 1J1U_old.pdb stdout | analyze
Координаты стеблей:
Акцепторный стебель: (501-507) - (573-567)
Т-стебель: (550-554) - (566-562)
D-стебель : (510-513) - (526-523)
Антикодоновый стебель: (527-534) - (545-537)
Неканонические пары:
552_:[..U]U-*---G[..G]:.564
555_:[..U]U-**--A[..A]:.559
556_:[..U]U-**+-G[..G]:.519
537_:[..A]A-**--U[..U]:.534
539_:[..A]A-**--C[..C]:.533
545_:[..A]A-**--G[..G]:.527
514_:[..A]A-**--U[..U]:.508
515_:[..G]G-**+-C[..C]:.549
Стабилизирующие пары:
555_:[..U]U-**--A[..A]:.559
556_:[..U]U-**+-G[..G]:.519
537_:[..A]A-**--U[..U]:.534
539_:[..A]A-**--C[..C]:.533
545_:[..A]A-**--G[..G]:.527
514_:[..A]A-**--U[..U]:.508
515_:[..G]G-**+-C[..C]:.549