Предсказание вторичной структуры заданной тРНК и анализ НК-белкового комплекса.
Задание 1. Предсказание вторичной структуры заданной тРНК.
С помощью программы einverted пакета EMBOSS был найден 1 инвертированный участок в заданной тРНК (1J1U):
einverted -sequence 1J1U.seq -gap 12 -threshold 10 -match 3 -mismatch -3 -outfile outfile -outseq seqout
По алгоритму Зукера с помощью программы ViennaRNA была предсказана вторичная структура тРНК:
| Участок структуры | Позиции в структуре (по результатам find_pair ) | Результаты предсказания с помощью einverted | Результаты предсказания по алгоритму Зукера |
|---|---|---|---|
| Акцепторный стебель | (501-507) - (573-567) | (1-7) - (73-67) | (1–7) - (73–67) |
| D-стебель | (510-513) - (526-523) | - | (10-13) - (26-23) |
| T-стебель | (550-554) - (566-562) | - | (28-32)-(44-40) |
| Антикодоновый стебель | (527-534) - (545-537) | - | (50-54) - (66-62) |
| Общее число канонических пар нуклеотидов | 45 | 7 | 20 |
Задание 2. Поиск ДНК-белковых контактов в заданной структуре.
Cкрипт-файл с определением множеств атомов кислорода 2'-дезоксирибозы (set1), атомов кислорода в остатке фосфорной кислоты (set2), атомов азота в азотистых основаниях (set3).
Cкрипт-файл, вызов которого в PyMol даст последовательное (с паузами!) изображение всей структуры, только ДНК в проволочной модели, той же модели, но с выделенными шариками множеством атомов set1, затем set2 и set3.
| Контакты атомов белка с | Полярные | Неполярные | Всего |
|---|---|---|---|
| остатками 2'-дезоксирибозы | 1 | 8 | 9 |
| остатками фосфорной кислоты | 5 | 10 | 15 |
| остатками азотистых оснований со стороны малой бороздки | 1 | 3 | 4 |
| остатками азотистых оснований со стороны большой бороздки | 6 | 2 | 8 |
Белок в основном образует контакты с сахарофосфатным остовом, а также с остатками азотистых оснований, в частности с атомами большой бороздки.
Схема ДНК-белковых контактов была получена с помощью программы nucplot:
Наибольшее число контактов с ДНК образует Ala29. Наиболее важным аминокислотным остатком для распознавания ДНК является Lys55, так как он образует связь с азотистым основанием.
Контакты Ala29 с ДНК:
Контакты Lys55 с ДНК:
