Описание пространственной структуры дезоксирибозофосфатальдолазы по данным банка PDB, код 1jcj

  На рисунке изображен белок
дезоксирибозофосфатальдолаза,
состоящий из двух цепей (обозначены
синим и зеленым цветами), а также
связанные с каждой из цепей молекулы
лиганда гидроксипентандиолфосфата
(обозначены красным и оранжевым).
    

# Демонстрация взаимодействмя белка с лигандом
restrict none
background white
select all
hbond off
echo _       Definitions
script h:\term1\creditworks\credit2\1jcj.def
pause
# вид номер один
select m
 color cpk
 wireframe 100
 center m
 zoom 300
select b
 wireframe 100
select roundatoms
 color cpk
 spacefill
select cont_b_m
 color green
select *a and not (m, roundatoms, cont_b_m)
 color cyan 
 wireframe off
 backbone 50
select wirefire
 wireframe 50
select aa1
 color violet
select aa2
 color purple
echo violet aminoacid is Lys167
echo purple aminoacid is Ala237

pause

# вид номер два с подписями
 select aa1 and *.ce
  label AA1
 select aa2 and *.o
  label AA2
 select hpd601:a.o3p
  label HPD

pause

# вид номер три
 zoom 150
 select all
 label off
 select ala131:a.ca
  label the rest part of B
 select val73:a.ca
  label cont_B_M

pause

# вид номер четыре с водородными связями
 echo There may be hbonds between M and B!
 restrict none
 select *a
  color cpk
  wireframe 50
  hbond
  center m
  zoom 600

pause

# повтор вида номер один
restrict none
Select all
hbond off
select m
 color cpk
 wireframe 100
 center m
 zoom 300
select b
 wireframe 100
select roundatoms
 color cpk
 spacefill
select cont_b_m
 color green
select *a and not (m, roundatoms, cont_b_m)
 color cyan 
 wireframe off
 backbone 50
select wirefire
 wireframe 50
select aa1
 color violet
select aa2
 color purple
 color purple
echo violet aminoacid is Lys167
echo purple aminoacid is Ala237