Изображение области связывания гидроксипентандиолфосфата (HPD) с дезоксирибозофосфатальдолазой

  На рисунке изображено взаимодействие белка с лигандом.
Лиганд (HPD) и взаимодействующие с ним атомы белка 
(находящиеся в 3.5Å окрестности лиганда) изображены в
раскраске cpk (лиганд - вмодели wireframe, взаимодействующие
с ним атомы - в модели cpk), фиолетовым цветом изображен мало
влияющий на связывание с лигандом остаток Ala 237,
розовым - важный для связывания остаток Lys167. Остатки, хоть
как-то способные влиять на лиганд изображены зелеными, а
оставшийся белок - сине-зеленым. Метод определения - выбирать
атомы или остатки, находящиеся в определенной окрестности
лиганда.

Проект генно-инженерного эксперимента

Список аминокислотных остатков α-цепи дезоксирибозофосфатальдолазы, контактирующих с молекулой
гидроксипентандиолфосфата (1-hydroxy-pentane-3,4-diol-5-phosphate)(находятся в 3,5 A окрестности лиганда):
Lys167, Ala203, Gly204, Gly205, Gly236, Ala237, Ser238, Thr170;
Предлагаю заменить остаток Lys167 как существенно влияющий на связыванпе с лигандом;
Предлагаю заменить остаток Ala 237 как несущественно влияющий на связыванпе с лигандом;
  Обоснование замен:
  Остаток Lys167 связан с лигантом ковалентно через NZ атом, поэтому его замена сильно повлияет на связывание лиганда.
Даже при замене на близкий по свойствам аргинин связывание нарушается из-за разной длины аминокислотных остатков:
азоты аргинина находятся в H-положении.
  Также на связывание могут повлиять Gly205 и Ser238, поскольку они могут взаимодействовать с кислородами фосфатной группы
посредством азота из остова белка: расстояние между соответствующими кислородами и азотами соответственно 2.87 и 2.85A.
  Мало влияет на связывание Ala 237, т.к.
    - ближайшая к нему часть лиганда в целом гидрофильна, значит, остаток аланина почти не участвует в гидрофобном
взаимодействии с белком,
    - радикал аланина "торчит" в противоположную от лиганда сторону, а взаимодействие осуществляется благодаря CA-атому,
значит, замена этого аминокислотного остатка на другой мало повлияет на связывание лиганда (CA-атом у всех одинаковый).
  Возможно, также мало на связывание влияют остатки Ala203, Gly204, Gly236 и Ala237.