На главную страницу второго семестра

Филогенетические деревья, реконструированные разными способами.

Эталонное выравнивание доменов семейства DeoC/LacD (Pfam ID PF01791) из БД Smart.

                                                                                                                                                                                                           
                                            *                 2 0                   *                 4 0                   *                 6 0                   *                 8 0                  
D E O C _ E C O L I   :   R A L K L M D L T T L N D D D T D E - - - - - - - - - - - - - - K V I A L C H Q A K T P V G N T A A I C I Y P R F I P I A R K T L K E Q G T P E I R I A T V T N F P H   :     6 9
L A C D _ S T A A U   :   I S A L A F D Q R G A L K R M M A K H Q T E E P T V A Q - - I E Q L K V L V A E E L T Q - - Y A S S I L L D P E Y G L P A S D A R N K - - - - - - D C G L L L A Y E K   :     7 3
Y I H T _ S A L T Y   :   F A M L A V D Q R E A M R L M F A A A G A K T P - V A D S V L T D F K V N A A K I L S P - - Y A S A V L L D Q Q F C Y R Q A V E Q N A V A K - - - S C A M I V A A D -   :     7 6
Y 2 3 0 _ A R C F U   :   T V I L P M D H G I T K - P E K G I - - - - - - - - - - - - - E K V D R V V E E V Q D - - - Y I D A V I V H K G V A K R S A V L A D I - - - - - - D A A L I I H L S A   :     6 0
Q 8 Y Q T 4 _ A N A   :   L S I L P V D Q G I E H S A G A S F - - - - - - - A P N P I Y F D P E N I I R L A I A G - - G C N A V A T T L G V L G S V S R K Y A H - - - - - - K I P F I A K L N H   :     6 8
                                l     D                                                                                     a 6                                                     6                      
                                                                                                                                                                                                           
                                      *               1 0 0                   *               1 2 0                   *               1 4 0                   *               1 6 0                        
D E O C _ E C O L I   :   G N D D I D I A - - - - - - - - - - - L A E T R A A I A Y G A D E V D V V F P Y R A L M A G N - E Q V G F D L V K A C K E A C A A A N V L L K V I I E T G E L K D E A   :   1 4 0
L A C D _ S T A A U   :   T G Y D V N A K G R L P D C L V - - - E W S A K R L K E Q G A N A V K F L L Y Y D V D D A E E I N I Q K K A Y I E R I G S E C V - - A E D I P F F L E - V L T Y D D N   :   1 5 0
Y I H T _ S A L T Y   :   - - D F I P G N G I P V D N V V L D K K I N A Q A V K R D G A K A L K L L V L W - - R S D E D - A Q Q R L N M V K E F N E L C H - - S N G L L S I I E - P V V R P P R   :   1 5 1
Y 2 3 0 _ A R C F U   :   S T S L A P D P N D K R I - - - - - - V T S V E K A I A L G A D A V S I H V N I - - - G S K T - E A E Q I E K A G T I S E I C D - - D Y G I P L L A M - M Y P R G S I   :   1 3 0
Q 8 Y Q T 4 _ A N A   :   N E L L T F P N Q F D Q V L - - - - - F A D V E Q A W N L G A V A V G A T I Y F - - - G S E Q - S T R Q I Q E I S R A F K R A H - - E L G M V T I L W - C Y L R N N A   :   1 3 9
                                                                                    G A   a 6                                                         c             6                                      
                                                                                                                                                                                                           
                                *               1 8 0                   *               2 0 0                   *               2 2 0                   *               2 4 0                              
D E O C _ E C O L I   :   - - - - - - - - - - - - - - - L I R K A S E I S I K - - A G A D F I K T S T G - - - - - - - - - - - K V A V N A T P E S A R I M M E V I R D M G V E - - - - - - - - -   :   1 8 6
L A C D _ S T A A U   :   I P D N G S V E F A K V K P R K V N E A M K L F S E P R F N V D V L K V E V P V N M K Y V E G F A E G E V V Y T K E E A A Q H F K D Q D A A T H L P - - - - - - - - -   :   2 2 4
Y I H T _ S A L T Y   :   C G D K F D - - - - - - R E Q A I I D A A K E L G D - - S G A D L Y K V E M P - - - - - - - - - - - L Y G K G A R S D L L T A S Q R L N G H I N M P - - - - - - - - -   :   2 0 6
Y 2 3 0 _ A R C F U   :   D V - - - - - - - - - - T T E T V R H A A R I G Y E - - L G A D I L K V P Y V - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - Q S F E E V V A V C D I P - - - - - - - - -   :   1 7 0
Q 8 Y Q T 4 _ A N A   :   F K Q D K - D Y H L - - A A D L T G Q A N H L G V T - - I E A D I I K Q K L P E N N N G Y G A V A K A T G Q S Y G K T H E K V Y T D L T T D H P I D L T R Y Q V L N C   :   2 1 7
                                                                A                     a D     K                                                                           6                                
                                                                                                                                                               
                          *               2 6 0                   *               2 8 0                   *               3 0 0                   *            
D E O C _ E C O L I   :   - - K T V G F K P A G G V - - - - - - - - R T A E D A Q K Y L A I A D E L F G A D W A D A R H Y R F G A S S L L A S L L K   :   2 3 7
L A C D _ S T A A U   :   Y - - - - - I Y L S A G V - - S A E L F Q E T L K F A H - - - E A G A K F - - - - - - - - - - - - N G V L C G R A T W S G   :   2 6 3
Y I H T _ S A L T Y   :   W - - - - - V I L S S G V - - D E K L F P R A V R V A M - - - E A G A - - - - - - - - - - - - - - S G F L A G R A V W S S   :   2 4 3
Y 2 3 0 _ A R C F U   :   - - - - - - V V V A G G S K G S E H E F L K R V E D A I - - - A K G A - - - - - - - - - - - - - - A G V A A G R N V F N S   :   2 0 8
Q 8 Y Q T 4 _ A N A   :   Y C G R A G L I N S G G A - S G K N D F A E A V R T A V I N K R A G G - - - - - - - - - - - - - - T G L I S G R K A F Q R   :   2 6 3
                                                G               f             A             g                                 G       g r                      

  Для этого выравнивания при помощи программы Genedoc была построена матрица весов попарных выравниваний, из нее получили матрицу "наивных" эволюционных расстояний и затем по алгоритму UPGMA вручную составили правильную скобочную структуру (вычисления см. рабочую книгу UPGMA.xls.

  Алгоритм UPGMAАлгоритм NJ
Неукоре ненное дерево

Укоре ненное дерево



Обсуждение результатов

©Хайруллин Альберт