На главную страницу второго семестра
Построение схемы переходов глобального выравнивания.
В файле matrix.xls находится три листа:
- Global.
Построение глобального выравнивания при помощи алгоритма
Нидельмана - Вунша. Страница содержит пять таблиц:
- в 1-ой посчитаны численные значения (веса) путей, заканчивающихся
в каждой ячейке. В левом верхнем углу таблицы поставлен 0, в первых строке и
столбце значения
получены прибавлением штрафа за делецию (-2) к предыдущему значению (к
значению в левой и верхней клетке, соответственно). В остальных клетках
значения получены с помощью формулы (на примере клетки D5):
D5=MAX(D4-2;C5-2;C4+IF(C$3=$B4;2;-1))
Т.е. считается вес перехода из левой
ячейки при помощи делеции (C5-2), из верхней ячейки при помощи делеции (D4-2)
и вес перехода по диагонали (С4+2, если аминокислоты совпадают и С4-1, если
нет); затем из этих весов выбирается наибольший.
- в 2-ой формулы заменены числами (специальная вставка).
- в 3-ей расставлены стрелки переходов: в левой верхней ячейке стрелки нет,
в первом столбце и первой строке стрелки вверх и влево, соответственно; в остальных
ячейках стрелка выбирается формулой (на примере ячейки K5):
K5=IF(D5=(C4+IF(C$3=$B4;2;-1));"j";IF(D5=C5-2;"f";"h"))
Т.е. если в ячейке
D5 выбран переход по диагонали, то пишется j (стрелка вверх-влево в шрифте
Wingdings 3), если влево, то f (соотв. стрелка влево), если вверх, то h
(соотв. вверх).
- в 4-ой таблице 2-ая и 3-ья таблицы соединены при помощи операции
CONCATENATE, в результате получена таблица, в каждой из ячеек которой находится
число (вес) и стрелка. При этом шрифт меняется на Arial.
- в 5-ой таблице у букв f ,h, j шрифт заменен на Wingdings 3 (ручная работа!).
- Local.
Таблица содержит попытку локального выравнивания по алгоритму Смита-Ватермана.
Все сделано, как в листе global, только, если значение в ячейке было
отрицательным, оно обнулялось и вместо стрелки рисовался символ заземления.
Локального выравнивания не получилось.
- Example.
Таблица содержит разобранный на объяснении в классе пример (использовалась для
сочинения и проверки формул).
©Хайруллин Альберт