На главную страницу второго семестра

Работа с программой BLAST.

Поиск гомологов программой Blast.
- При поиске гомологов последовательности моего белка (DEOC_ECOlI) он находится 1-ым с score=451 и E-value=1e-126.
- При поиске белка в базе PDB для первой находки pdb-код 1P1X, идентификатор цепи B, score=451 и E-value=9e-128, начало и конец выравнивания в query 1-259, в subject 2-260, 100 процентов идентичности, 100 процентов совпадения и ни одного гэпа. Найденное - тот же белок.
Разницы в E-value считаю несущественными на фоне их порядка.
При поиске гомологов для DEOC_VIBCH белок DEOC_ECOLI выходит 8-ой записью: score=373 и E-value=3e-103, в запросе аминокислоты 1-236, в ответе - 1-237, 83% совпадений. Первая находка - DEOC_VIBCH (то, что надо). Если бы первая находка оказалось чем-то другим, то это может значить, что...
- Искомую запись вообще удалили из БД и ничего не поделаешь;
- В запись внесли изменения, тогда надо обновить свою версию записи;
- Blast считает, что в случайной БД последовательность, полностью совпадающая с искомой, встретится с большей вероятностью, чем какая-то другая; если случайные БД генерируются заново для каждого запроса, то нужно повторить запрос, если же нет, то ничего не поделаешь.
При поиске в Swissprot по фрагменту мой белок выходит 1-ой записью: score=32 и E-value=0.42, в запросе аминокислоты 2-24, в ответе 238-259, 73% совпадений. Видно, что Blast проводит локальное выравнивание для поиска гомологов; также видно, что в Swissprot нет бреда типа последовательности thirdprot.
Для EBI 2-ое задание 15-ая запись: score=1056 и E-value=1e-103, в запросе 1-254, в ответе 1-255, 81% совпадений. Первая находка - то, что надо. Не слишком сильные отличия, хотя хотелось бы чтобы хоть что-нибудь совпало с Blast'ом из NCBI.
В числе первых 20-ти находок есть как искомый белок RbsR, так и близкие по функциям белки (репрессор сахарозного оперона; белок, контролирующий катаболизм, в т.ч. распад углеводов; регулятор транскрипции, вовлеченный в регуляцию синтеза амилазы => распада амилозы). Программа BLAST находит как ортологи, так и другие схожие белки. С точки зрения поиска функциональных гомологов (ортологов) результат нас не устроит, хотя в отсутствие других средств сойдет и BLAST. Но если нас интересует гомология в смысле эволюции белков, то результат приемлемый. Применимость программы зависит от поставленных задач.
Найденные белки выходят "в равномерную перемешку" с постепенно возрастающим от e-180 до e-60 E-score. Ортологаим считались все белки со словом RbcR в description'е.