На главную страницу второго семестра

Сравнение фрагмента полного множественного выравнивания, полученного с помощью программы ClustalW, с соответствующим фрагментом "эталонного" выравнивания из SMART.

Фрагмент "эталонного" выравнивания из SMART.

                                                                                                                                                                                                   
                                            *                 2 0                   *                 4 0                   *                 6 0                   *                 8 0          
D E O C _ E C O L I   :   G N D D I D I A - - - - - - - - - - - L A E T R A A I A Y G A D E V D V V F P Y R A L M A G N - E Q V G F D L V K A C K E A C A A A N V L L K V I I E T G E L K   :   6 8
L A C D _ S T A A U   :   T G Y D V N A K G R L P D C L V - - - E W S A K R L K E Q G A N A V K F L L Y Y D V D D A E E I N I Q K K A Y I E R I G S E C V - - A E D I P F F L E - V L T Y   :   7 4
Y I H T _ S A L T Y   :   - - D F I P G N G I P V D N V V L D K K I N A Q A V K R D G A K A L K L L V L W - - R S D E D - A Q Q R L N M V K E F N E L C H - - S N G L L S I I E - P V V R   :   7 2
Y 2 3 0 _ A R C F U   :   S T S L A P D P N D K R I - - - - - - V T S V E K A I A L G A D A V S I H V N I - - - G S K T - E A E Q I E K A G T I S E I C D - - D Y G I P L L A M - M Y P R   :   6 7
Q 8 Y Q T 4 _ A N A   :   N E L L T F P N Q F D Q V L - - - - - F A D V E Q A W N L G A V A V G A T I Y F - - - G S E Q - S T R Q I Q E I S R A F K R A H - - E L G M V T I L W - C Y L R   :   6 8
                                                                                    G A   a 6                                                         c             6                              

Фрагмент полного множественного выравнивания, полученный с помощью программы ClustalW. Участки, совпадающие с эталонным выравниванием.

                                                                                                                                                                                                                               
                            *               1 4 0                   *               1 6 0                   *               1 8 0                   *               2 0 0                   *               2 2 0              
D E O C _ E C O L I   :   T V T N F P H G N D D I D I A L A E T R A A I A Y G A D E V D V V F P Y R A L M A G N E Q V G F D L V K A C K E A C A A A N V L L K V I I E T G E L K D E A L I R K A S E I S I K A G A D   :   1 6 4
L A C D _ S T A A U   :   T G Y D V N A K G R L P D C L V E W S A K R L K E Q G A N A V K F L L Y Y D V D D A E E I N I Q K K A Y I E R I G S E C V A E D I P F F L E V L T Y D D N I P D N G S V E F A K V K P R K   :   1 8 6
Y I H T _ S A L T Y   :   Y R Q A V E Q N A V A K S C A M I V A A D D F I P G N G I P V D N V V L D K K I N A Q A V K R D G A K A L K L L V L W R S D E D A Q Q R L N M V K E F N E L C H S N G L L S I I E P V V R   :   1 6 3
Y 2 3 0 _ A R C F U   :   L I I H L S A S T S L A P - - - - - - - D P N D K R I V T S V E K A I A L G A D A V S I H V N I G S K T E A E Q I E K A G T I S E I C D D Y G I P L L A M M Y P R G S I D V T T E T V R H   :   1 5 8
Q 8 Y Q T 4 _ A N A   :   Y A H K I P F I A K L N H N E L L T F P N Q F D Q V L F A D V E Q A W N L G A V A V G A T I Y F G S E Q S T R Q I Q E I S R A F K R A H E L G M V T I L W C Y L R N N A F K Q D K D Y H L   :   2 2 1
                                                                                      v                                                                                                                                        

Фрагмент полного множественного выравнивания, полученный с помощью программы ClustalW.


                                                                                                                                                                                                                               
                            *               1 4 0                   *               1 6 0                   *               1 8 0                   *               2 0 0                   *               2 2 0              
D E O C _ E C O L I   :   T V T N F P H G N D D I D I A L A E T R A A I A Y G A D E V D V V F P Y R A L M A G N E Q V G F D L V K A C K E A C A A A N V L L K V I I E T G E L K D E A L I R K A S E I S I K A G A D   :   1 6 4
L A C D _ S T A A U   :   T G Y D V N A K G R L P D C L V E W S A K R L K E Q G A N A V K F L L Y Y D V D D A E E I N I Q K K A Y I E R I G S E C V A E D I P F F L E V L T Y D D N I P D N G S V E F A K V K P R K   :   1 8 6
Y I H T _ S A L T Y   :   Y R Q A V E Q N A V A K S C A M I V A A D D F I P G N G I P V D N V V L D K K I N A Q A V K R D G A K A L K L L V L W R S D E D A Q Q R L N M V K E F N E L C H S N G L L S I I E P V V R   :   1 6 3
Y 2 3 0 _ A R C F U   :   L I I H L S A S T S L A P - - - - - - - D P N D K R I V T S V E K A I A L G A D A V S I H V N I G S K T E A E Q I E K A G T I S E I C D D Y G I P L L A M M Y P R G S I D V T T E T V R H   :   1 5 8
Q 8 Y Q T 4 _ A N A   :   Y A H K I P F I A K L N H N E L L T F P N Q F D Q V L F A D V E Q A W N L G A V A V G A T I Y F G S E Q S T R Q I Q E I S R A F K R A H E L G M V T I L W C Y L R N N A F K Q D K D Y H L   :   2 2 1
                                                                                      v                                                                                                                                        

Результаты:
   – число колонок во фрагменте из SMART = 80;
   – число колонок, совпавших с колонками в файле clustalw.msf = 0;
   – участки из эталонного выравнивания, попавшие в фрагмент из множественного выравнивания, отмечены синим цветом;
   – совпадающие колонки можно найти для 3 пар последовательностей: очень хорошо совпали колонки для концов последовательностей Y230_ARCFU и Q8YQT4_ANASP (совпадающие участки отмечены темно-зеленым цветом), совпали небольшие участки для пары последовательностей DEOC_ECOLI и LACD_STAAU (отмечено желтым) и пары DEOC_ECOLI и Y230_ARCFU (отмечено светло-зеленым). В глобальном выравнивании последовательность YIHT_SALTY вообще уехала вбок и не дала колонок, совпадающих с колонками из эталона.
   – На третьем изображении показан фрагмент полного множественого выравнивания с отмеченными совпадающими или схожими аминокислотными остатками (отмечены красным внутри фрагментов из эталонного выравнивания и желтым вне их, сами фрагменты - синие).
   – В целом фрагменты в глобальном выравнивании оказались в одной полосе (+/-10 AA), поэтому мы можем предположить, что у данных белков активные участки и/или домены расположены в одинаковом порядке => возможно, у белков одинаковые функции (в действительности все реальные или предполагаемые альдолазы).
   – Примечание: эталонные выравнивания взяты из БД Pfam, ширина фрагментов = 80.

Матрица попарных выравниваний


                   DEOC_ECOLI     LACD_STAAU     YIHT_SALTY     Y230_ARCFU   Q8YQT4_ANASP 

    DEOC_ECOLI            100%                                                            

    LACD_STAAU              6%           100%                                             

    YIHT_SALTY              4%            12%           100%                              

    Y230_ARCFU              8%             5%             8%           100%               

  Q8YQT4_ANASP              5%             5%             8%            12%           100%
  Судя по матрице все белки достаточно непохожи, вероятно имеют достаточно большие несовадающие участки. Последовательности Y230_ARCFU и Q8YQT4_ANASP оказались относительно схожими (12%), но "уехавшая" последовательность YIHT_SALTY почему-то неплохо выравнялась с LACD_STAAU. Общий вывод: белки сходны в малой степени и сходства в одних учасках компенсируются различиями в других.

©Хайруллин Альберт