Занятие 4. Дополнительные задания.

Jackknife-анализ достоверности ветвей: аналогично упражнению 6 предыдущего задания, но при получении реплик используют опцию "-test j":
  fseqboot ABCDEF.fasta -test j
  fdnaml abcdef.fseqboot -ttratio 0.5 -auto
  fconsense abcdef.treefile

Консенсусное дерево имеет такую же топологию, что и полученное при бутстреп-анализе и исходное деревья. Достоверность внутренних ветвей при этом возросла, а достоверность "недостоверных" снизилась:
```
Set (species in order)     How many times out of  100.00
cdefba
....**                     100.00
.***..                     89.00
..**..                     67.00

Sets NOT included in consensus tree:

Set (species in order)     How many times out of  100.00

.*.*..                     23.00
................................
.**...                      1.00
```
Неукорененное дерево:
```
                       +------F
                +-67.0-|
         +-89.0-|      +------E
         |      |
  +------|      +-------------D
  |      |
  |      |             +------A
  |      +-------100.0-|
  |                    +------B
  |
  +---------------------------C
```

Укоренение дерева, реконструированного методом Neighbor-joining:

fretree 6 NJ.treefile

Команда приводит к появлению на экране картинки с деревом и предложения ввести какую-нибудь из однобуквенных команд. Команда M укореняет дерево в среднюю точку.
Корень топологически поместился туда, где он был на исходном дереве.

                                                 ,--------------------------6:A
  ,----------------------------------------------7
  !                                              `--------1:B
  !
-11                                                    ,--------------------4:E
  !                                             ,-----10
  !          ,----------------------------------9      `---------5:F
  !          !                                  !
  `----------8                                  `--------------3:D
             !
             `--------------------------------------2:C

Создание изображения переукорененного дерева из предыдущего упражнения как филограммы (phenogram), ориентированной вправо, при помощи программы fdrawgram:
```
drawgram -style p rNJ.treefile.
```
Опция -style позволяет выбрать способ отображения дерева. Изображение:
Восстановление предковой последовательность для мутированных последовательностей методом максимального правдоподобия (программой fdnamlk). Команда:
```
fdnamlk ABCDEF.fasta -hypstate -ttratio 0.5
```
Опция -hypstate заставляет программу восстанавливать последовательности во всех узлах, -ttratio - соотношение частот транзиций к числу трансверсий. Полученная предковая последовательность при выравнивании с геном deoC_ECOLI имеет 34%-ую идентичность. Выравнивание отражает отсутствие делеций и дупликаций: нет гэпов. Отсутствие ярко выраженных консервативных участков в гене подчеркивает случайный характер замен. Идентичность (34%) и сходство (36%) почти совпадают, поскольку все нуклеотиды менялись на любые другие (модель Джукса-Кантора). Интересно отметить, что последовательность гена выравнивается с полученными мутантами лучше, чем с предсказанным предком (т.е. действие по отысканию предка в нашем случае не привело к удовлеторительным результатам).
```
            A      B      C      D      E      F 

U14003     43%    40%    39%    45%    45%    45%
           43%    40%    39%    45%    45%    45%
```
Выравнивание гена и "предка"