На главную страницу четвертого семестра

Занятие 5. Функции генов и их продуктов. Онтологии, GO.

Поиск нужного термина в словарях GO

Для заданного описания локализации белка на главном сайте консорциума GO, http://www.geneontology.org, найден наиболее подходящий термин GO:

• заданное описание локализации:
     интегральный белок плазматической мембраны;
• выбранный термин GO и его идентификатор:
     integral to plasma membrane GO:0005887;
• название онтологии GO и его перевод на русский:
     cellular component (локализация в клетке);
• определение термина (в переводе на русский):
     En Penetrating at least one phospholipid bilayer of a plasma membrane. May also refer to the state of being buried in the bilayer with no exposure outside the bilayer.
     Ru (примерно). Пронзающий по крайней мере один фосфолипидных бислоев плазматической мембраны. Термин может также относиться к описанию состояния погруженности в бислой без выхода на его поверхность.




Описание функции конкретного белка с помощью GOA

На главной страничке БД GOA введли в поле запроса AC UniProt заданного белка (P0A6L0). Открылась страничка со списком всех терминов GO, ассоциированным с данной записью UniProt. По данным этой странички описали функцию белка в таблице:

	Онтология GO (имя)	Количество ассоциированных терминов GO	Краткий ответ на вопрос	Данные EcoCyc
Где?	component	2	В мембранной фракции и цитоплазме
Зачем, для чего?	process	2	Для осуществления процесса распада дезоксирибонуклеотидов	Участвует во взаимном превращении нуклеозидов, нуклеотидов и азотистых оснований.
Молекулярный механизм?	function	3	Дезоксирибофосфат альдолазная активность (по сути фермент является лиазой - разрушает С-С связь в дезоксирибофосфате). Реакция: 2-deoxy-D-ribose 5-phosphate = D-glyceraldehyde 3-phosphate + acetaldehyde	Реакция обратима.
Специфичность?	нет онтологии		Существует как мономер или гомодимер (по данным документа из SwissProt)	Мономер - в растворе Tris/HCl, содержащем EDTA; димер - в фосфатном буфере. Ингибиторы: пропаналь, хлорал-гидрат, октанол

Создание больших выборок белков с определенными функциями
(поиск по идентификаторам GO в БД UniProt с помощью SRS)

Идентификаторы GO записаны в поле DBxref_. Оценка степени аннотированности в UniProt функций интегральных белоков плазматической мембраны из Caenorhabditis elegans.


Протеом Caenorhabditis elegans. Результаты поиска в UniProt, 21.03.2007 г.

	Количество записей	Запрос
Всего	23243	([uniprot-Organism:Caenorhabditis*] & [uniprot-Organism:elegans*])
С идентификаторами всех 3-х онтологий GO	3382	(([uniprot-Organism:Caenorhabditis*] & [uniprot-Organism:elegans*]) & (([uniprot-DBxref_:c:*] & [uniprot-DBxref_:p:*]) & [uniprot-DBxref_:f:*]))
В том числе интегральных белоков плазматической мембраны	23	((([uniprot-Organism:Caenorhabditis*] & [uniprot-Organism:elegans*]) & (([uniprot-DBxref_:c:*] & [uniprot-DBxref_:p:*]) & [uniprot-DBxref_:f:*])) & [uniprot-DBxref_:GO:0005887*])
В том числе только с самыми хорошими доказательствами функции (коды только IDA или TAS)	0	((([uniprot-Species:Caenorhabditis*] & [uniprot-Species:elegans*]) & (((((((((((((([uniprot-DBxref_:c:*] & [uniprot-DBxref_:p:*]) & [uniprot-DBxref_:f:*]) ! [uniprot-DBxref_:IC:*]) ! [uniprot-DBxref_:IEA:*]) ! [uniprot-DBxref_:IEP:*]) ! [uniprot-DBxref_:IGC:*]) ! [uniprot-DBxref_:IGI:*]) ! [uniprot-DBxref_:IMP:*]) ! [uniprot-DBxref_:IPI:*]) ! [uniprot-DBxref_:ISS:*]) ! [uniprot-DBxref_:NAS:*]) ! [uniprot-DBxref_:ND:*]) ! [uniprot-DBxref_:RCA:*]) ! [uniprot-DBxref_:NR:*])) & [uniprot-DBxref_:GO:0005887*])
В том числе те, у которых встречается хотя бы один раз самое хорошее доказательство функции (коды только IDA или TAS)	2	(((([uniprot-Organism:Caenorhabditis*] & [uniprot-Organism:elegans*]) & (([uniprot-DBxref_:c:*] & [uniprot-DBxref_:p:*]) & [uniprot-DBxref_:f:*])) & [uniprot-DBxref_:GO:0005887*]) & ([uniprot-DBxref_:IDA:*] | [uniprot-DBxref_:TAS:*]))

 

Менее 20% записей UniProt имеют полностью известную функцию (по данным GO). Из 23 интегральных белков плазматической мембраны из Caenorhabditis elegans ни один не имеет полностью экспериментально доказанной функции, и только два имеют экспериментальные доказательства отдельных утверждений о функции. Для остальных белков функция доказана не очень хорошо (не прямым экспериментом) или не доказана.

©Хайруллин Альберт