Выбор белка и его характеристики
Я выбрала белок NACHT_sigma и с помощью JUMP TO нашла его в базе Pfam. Результаты поиска (характеристики) представлены в таблице.
| АС | ID | Название | Seed | Full | Число доменных архитектур | 3D-структуры |
|---|---|---|---|---|---|---|
| PF17106 | NACHT_sigma | NACHT-NTPase sigma domain-containing protein | 33 | 180 | 36 | 0 |
Выравнивание seed
Я скачала полное выравнивание seed c сайта Pfam и загрузила в Jalview. Выставляем разную степень идиентичности. Для 100% консервативной является только глицин в 65 позиции. Для 90%- тоже. Для 50% появляется еще две в 56 и 63 позициях.
Максимально консервативные блоки: с 14 до 18 позиции и с 20 до 29
Максимально достоверный блок: с 8 по 10 позицию
Вывод: выравнивание имеет небольшое сходство последовательностей и короткие консервативные блоки. Наиболее полно гомология отображена в середине выравнивания, при этом начало и конец выравнивая не окрашиваются при identity выше 23%.