Я исследовала бактерию Francisella fridigituris и при поиске ее в базе Uniprot получила лишь один протеом, так что выбирать не пришлось.
Идентификатор протеома в Proteomes: UP000182521
Количество белков: 1811
Swiss-prot: 0
CPD: Outlier (high value)
BUSCO: C:99.8% (S:99.8% D:0%) F:0.2% M:0%
Другие известные организмы из вида Francisella по своим фунциям (здесь- влияние жизнедеятельности на другие организмы) не сильно отличаются, поэтому для сравнения я решила взять хорошо изученный протеом кишечной палочки (E. coli).
Идентификатор протеома в Proteomes: UP000000558
Количество белков: 5062
Swiss-prot: 2033
CPD: Standart
BUSCO: C:100% (S:99.5% D:0.5%) F:0% M:0%
| Группа белков | UP000182521 (изучаемый) | UP000000558 (контрольный) |
|---|---|---|
| Трансмембранные белки | 449 | 431 |
| Трансферазы | 209 | 199 |
| Оксидоредуктазы | 92 | 83 |
| Гидролазы | 176 | 203 |
| Лиазы | 66 | 48 |
| Изомеразы | 54 | 28 |
| Лигазы | 70 | 15 |
| Белок-мутатор | 1 | 1 |
| Рибосомальные белки | 58 | 59 |
Для нахождения белков я использовала следующие команды:
zgrep '^KW' UP000182521.swiss.gz | grep 'Transmembrane {' | wc -l | cat для поиска трансмембранных белков
zgrep '^KW' UP000182521.swiss.gz | grep '* {' | wc -l | cat для поиска ферментов, где *- название класса ферментов
Поиск по ключевому слову в Uniprot (proteome:UP000182521) AND (keyword:KW-0689) и (proteome:UP000182521) AND (keyword:KW-0515) для поиска рибосомальных белков и белка-мутатора соответственно
Я выбрала для дополнительного сравнения рибосомальные белки, которые в составе рибосом участвуют в биосинтезе белка, и белок-мутатор (ген, повышающий частоту возникновению мутаций у других генов). При сранении протеомов выяснилось, что у обоих есть одинаковый белок-мутатор, что говорит о его важности в протеоме бактерий.