Выравнивание последовательностей
Таблица 1. Характеристики глобального парного выравнивания трёх пар белков
| Protein name |
ID 1 |
ID 2 |
Score |
%Identity |
%Similarity |
Gaps |
Indels |
| Protein-glutamate methylesterase/protein-glutamine glutaminase |
CHEB_ECOLI |
CHEB_BACSU |
642.5 |
38.9% |
58.2% |
30 |
9 |
| 2-dehydro-3-deoxygluconokinase |
KDGK_ECOLI |
KDGK_BACSU |
194.5 |
22% |
37.5% |
77 |
15 |
| Aminodeoxychorismate lyase |
PABC_ECOLI |
PABC_BACSU |
213.5 |
24.8% |
40.6% |
34 |
6 |
Таблица 2. Характеристики локального парного выравнивания гомологичных белков
| Protein name |
ID 1 |
ID 2 |
Score |
%Identity |
%Similarity |
Gaps |
Indels |
Coverage1 |
Coverage2 |
| Protein-glutamate methylesterase/protein-glutamine glutaminase |
CHEB_ECOLI |
CHEB_BACSU |
645.5 |
40.9% |
60% |
25 |
6 |
94.8% |
96.4% |
| 2-dehydro-3-deoxygluconokinase |
KDGK_ECOLI |
KDGK_BACSU |
195.5 |
23.8% |
39.8% |
53 |
12 |
96.8% |
91.4% |
| Aminodeoxychorismate lyase |
PABC_ECOLI |
PABC_BACSU |
222 |
26% |
43.8% |
12 |
4 |
94.4% |
88.7% |
Таблица 3. Характеристики глобального парного выравнивания неродственной пары белков
| Protein ID 1 andname |
Protein ID 2 and name |
Score |
%Identity |
%Similarity |
Gaps |
Indels |
| ALLE_ECOLI | (S)-ureidoglycine aminohydrolase |
EPSN_BACSU | Putative pyridoxal phosphate-dependent aminotransferase EpsN |
22.5 |
3.8% |
5.9% |
505 |
7 |
Таблица 4. Характеристики локального парного выравнивания неродственной пары белков
| Protein ID 1 andname |
Protein ID 2 and name |
Score |
%Identity |
%Similarity |
Gaps |
Indels |
Coverage1 |
Coverage2 |
| ALLE_ECOLI | (S)-ureidoglycine aminohydrolase |
EPSN_BACSU | Putative pyridoxal phosphate-dependent aminotransferase EpsN |
44 |
20.2% |
32.4% |
75 |
11 |
66% |
25.5% |
Множественное выравнивание белков в Jalview
Для выравнивания я выбрала мнемонику TADA. Всего их 26. Помимо белков кишечной и сенной палочки я выбрала белки гемофильной палочки, бучнеры (эндомимбиот тли), стрептококка и резуховидки.
Выравнивание я делала в Jalview.
Ссылка на выравнивание
Параметры программ needle и water
При запуске программ needle и water без опции -auto запрашивает ввод новых значений для параметров Gap_penalty (штраф за индель) и Extend_penalty (штраф за продолжения инделя).
Для примера я решила изменить условия глобального выравния мнемоники CHEB. Результаты в таблице:
| Condition |
ID 1 |
ID 2 |
Score |
%Identity |
%Similarity |
Gaps |
Indels |
| -auto |
CHEB_ECOLI |
CHEB_BACSU |
642.5 |
38.9% |
58.2% |
30 |
8 |
| Gap_penalty: 100; Extend_penalty: 10 |
CHEB_ECOLI |
CHEB_BACSU |
280 |
32.4% |
49% |
16 |
3 |
При сравнении видно, что рейтинг сильно понизился при повышении штрафа; число инделей уменьшилось, как и их длина.