Формы ДНК и структура РНК

Построила с помощью пакета 3DNA A-форму, B-форму и Z-форму ДНК из пятикратного повтора GATC.

Буду рассмтаривать B-форму ДНК (из PDB структура 1BNA) и 7 тимин из нее. Строю пару с аденином.

Атомы, смотрящие в сторону большой бороздки: C4, O4, C5, C7

Атомы, смотрящие в сторону малой бороздки: N1, C2, O2

В сторону большой бороздки, вероятно, обращен еще С6, а в сторонй малой- N3.

Характеристика форм ДНК

А-форма В-форма Z-форма Тип спирали правозакрученная правозакрученная левозакрученная Шаг спирали в ангстремах 22,8 33,8 43,5 Оснований в витке 11 10 12 Ширина большой борозки в ангстремах 16,8 17,2 18,6 Ширина малой борозки в ангстремах 8 11,7 12,3

Структура тРНК

С помощью прогруммы find_pairs анализирую тРНК 1i9v.

Акцепторный стебель 1-7 (комплиментарный ему 66-72)

Т-стебель 49-52 (комплиментарный ему 62-65)

D-стебель 10-13 (комплиментарный ему 22-25)

Антикодоновый стебель 40-43 (комплиментарный ему 27-30). По идее, еще пара 39-43 должна входить, но она не описана в файле

Note: This structure contains 7[7] non-Watson-Crick base-pairs.

Неканонические пары: 4G--U69, 54t--A58 (t=5MU), 36A--U33, 38A--C32, 44A--G26, 14A--U8, 15G--C48.

Третичную структуру поддерживает пара 15G-**+-C48