Трансмембранные белки

Сравнение предсказаний в бета-листовом белке

Выбрала в ОРМ следующий белок:

type: transmembrane

class: β-barrel transmembrane

superfamily: Sugar porins

family: Malptoporin-like proteins

name: Maltporin

uniprot: LAMB_ECOLI

pdb: 1af6

функция: Участвует в транспорте мальтозы и мальтодекстринов, важен для транслокации мальтодекстринов с тремя и более глюкозильных фрагментов. Гидрофобный путь атоматических остатков служаит для направления транспорта сахаров. Является реуцептором для некоторых бактериофагов.

Скачала полную последовательность из pdb, там оказалось три одиаковых последовательности, поэтому в DeepTMHMM загрузила только одну и получила 17 предсказанных трансмембранных участков:

OPM|DeepTMHMM

12-16|2-13

39-48|39-47

58-68|59-67

75-88|79-88

98-103|99-105

125-132|124-132

138-146|138-145

170-179|171-177

185-194|186-193

213-221|214-221

227-235|228-234

269-278|271-278

284-293|285-292

305-314|307-314

320-329|321-327

343-352|344-352

361-370|357-368

411-420|413-420

Ссылка на выдачу в формате gff3

Количество предсказанных разными алгоритами петель одинаково, но при этом все отличаются в основном на 1-2 координаты, но есть и значительные различия (подчеркнуто).

Вероятно, дело в том, что DeepTMHMM все-таки предсказывает по аминокислотной последовательности, а в OPM содержатся уже проверенные данные.

Рис 1. Структура белка lamb_ecoli, pdb entry: 1af6

Рис 2. Вероятности и топология для белка с бета-листами

Сравнение предсказаний в альфа-спиральном белке

type: transmembrane

swiss-prot AC: Q48AB7 (CYOE_COLP3)

name: Protoheme IX farnesyltransferase

organism: Colwellia psychererythraea

функция: превращение гема В в гем О путем замены винильной группы на 2 углероде порфиринового кольца гема В на гидроксиэтилфарнезильную группу.

Загружаю последоваттолькость в DeepTMHMM.

Ссылка на выдачу

Нашел 9 трансмембранных α-спиралей.

Рис 3. Вероятности и топология для белка с альфа-спиралями

Далее загружаю файл с описанием структуры в PMM 3.0 (дефолтные значения и type of membrane: Gram-negative bacteria inner membrane) для предсказания структуры Alpha Fold. Он тоже предсказал 9 трансмембранных участков:

DeepTHMM|PMM 3.0

33-46|32-52

57-78|58-78

103-120|103-123

128-145|126-146

153-169|153-173

180-196|180-200

227-243|227-247

250-265|249-269

284-298|278-298

Различия в координатах снова есть, в AlphaFold все петли длиной 20 аминокислот, а в DeepTHMM координаты какие-то более "живые", но при этом каких-то критических различий нет, скорее размытие границ.