Базы данных KEGG и GO

Мне был предложен набор из 6 генов: PHOSPHO, PDXK, PSAT1, AOX1, PNPO, PDXP

Так как генов у меня было немного, я решила предварительно посмотреть, что они кодируют:

PHOSPHO2 - фосфатаза, обладающая высокой активностью по отношению к пиридоксаль-5'-фосфату (Пиридоксальфосфатфосфатаза), PDXK - пиридоксалькиназа, PSAT1 - фосфосеринаминотрансфераза, AOX1 - альдегидоксидаза, PNPO - пиридоксамин-5'-фосфатоксидаза, PDXP - пиридоксальфосфат (PLP) фосфатаза

Мне показалось, что все перечисленные белки, так или иначе, связаны с метаболизмом соединений, содержащих фосфор, рассмотрим это подробнее.

GO

Для начала я решила изучить, в каких биологических процессах участвуют эти белки. Для этого я провела анализ обогащения по биологической функции для моего набора генов с использованием базы данных Gene Ontology (GO), частоты сравнивала с человеком.

Рис 1. Выдача GO

Исходя из увиденного можно сделать вывод о том, что мои белки в основном участвуют в процессе биосинтеза пиридоксальфосфата и процессе биосинтеза витамина B6.

STRING

Потом я решила провести анализ взаимодействий между белками из моего набора генов, используя базу данных STRING. Этот анализ помогает выявить потенциальные связи и взаимодействия между белками набора генов:

Рис 2. Граф взаимодействий

Можно заметить, что многие белки связаны голубой линией, что означает их гомологичность, а также упоминаются в статьях вместе. 4 пары имеют генное соседство.

В разделе Analysis я также вновь убедилась, что биологический процесс GO- процесс биосинтеза и метаболизм витамина B6 и пиридоксальфосфата

KEGG

Рис 3. Карта метаболизма витамина B6 (розовым мои гены)

Вывод:

На основании проведенного анализа можно сделать вывод, что гены из моего набора (PDXK, PSAT1, AOX1, PNPO, PDXP) играют важную роль в биосинтезе и метаболизме витамина B6 и его активной формы, пиридоксальфосфата (PLP). Использование баз данных GO, STRING и KEGG позволило всесторонне изучить функции и взаимодействия этих белков. Анализ GO выявил, что гены участвуют в биосинтезе и метаболизме витамина B6 и пиридоксальфосфата. String показал анализ взаимодействий между белками. С помощью KEGG были подтверждены их роли в метаболизме витамина B6 и связанной биохимии.