Характеристика паттерна | Паттерн | В скольких последовательностях банка Swiss-Prot найден мотив, удовлетворяющий паттерну? | Все ли последовательности из Вашего выравнивания найдены? |
Фрагмент последовательности | [VYAE]-[ASVP]-[LHYN]-[TV]-[YF]-[ND]-G-[RK]-[VL]-Y-I-[YF]-[MPG]-S-[SH]-D-x(0,7)-[NRD]-[SKDF]-[ND]-G | 5 | Все |
Сильный | x(3)-[TV]-[YF]-[ND]-G-[KR]-[LV]-Y-I-[YF]-x(1)-S-x(1)-D-x(0,7)-[NRD]-x(1)-[ND]-G | 5 | Все |
Слабый | x(4)-[YF]-[ND]-G-[KR]-[LV]-Y-I-[YF]-x(1)-S-x(1)-D-x(2,9)-[ND]-G | 5 | Все |
Таблица должна была показывать важность более точных паттернов, что на более слабые найдется больше вариантов, однако мой белок xynD_Bacsu, к сожалению, не имеет множество гомологов, поэтому число везде одно и то же.
Идентификатор документа PROSITE (AC) | Название мотива | Краткое описание мотива | Тип подписи (паттерн, профиль) | Паттерн (регулярное выражение) | Специфична ли подпись? | Сколько мотивов нашлось в белке? |
PS51257 | PROKAR_LIPOPROTEIN | Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile | Профиль | MRKK-----------------CSVCLWILVLLLSC | ? | 1 |
PS51175 | CBM6 | CBM6 (carbohydrate binding type-6) domain profile | Профиль | NRVEAETFAWNGRILTekSTAPGGPVNNQHVTSIQNGDWIAVGNADFGAGGARSFKANVAS-TLGGKIEVRLDsaDGKLVGTLNVPSTGGAQTWREIETAVSGATGVHKVFFVFTGTGTgNLFNFDYWQF | ? | 1 |
PS00004 | CAMP_PHOSPHO_SITE | cAMP- and cGMP-dependent protein kinase phosphorylation site | Паттер | KKcS | ? | 1 |
PS00005 | PKC_PHOSPHO_SITE | Protein kinase C phosphorylation site | Паттерн | SgK|TiK|TaR|TyR|TeK|SfK|TwR|TqR | ? | 8 |
PS00006 | CK2_PHOSPHO_SITE | Casein kinase II phosphorylation site | Паттерн | SsdD|TikD|SsaD|StiD|SiqE|TwrE | ? | 6 |
PS00001 | ASN_GLYCOSYLATION | N-glycosylation site | Паттерн | NGTI|NWTD|NGTY | ? | 3 |
PS00008 | MYRISTYL | N-myristoylation site | Паттерн | GAngAN|GAngGR|GGgiGV|GVltAD|GGvpGV|GSasTI|GThpAD|GAffGG|GGggNN|GGgnNH|GAgkHGY|GGpvNN|GAggAR|GGarSF|GGaqTW|GTgtGN|GNlfNF | ? | 17 |
PS00007 | TYR_PHOSPHO_SITE | Tyrosine kinase phosphorylation site | Паттерн | KppgEig.Y | ? | 1 |