Cхема из Pfam: |
|||||
Начальный желтый участок - сигнальный пептид, занимающий положение с 1 по 26 аминокислоту. Зеленый участок - это семейство гликозил гидролазы, красный - карбогидратный связывающий модуль Красные ромбы над зеленым участком - доноры протонов, фиолетовые круги над красным - это металлические лиганды (Кальций; натрий, несмотря на присутствие в белке, не отмечен) |
|||||
№ | Pfam AC | Pfam ID | Полное название семейства доменов (по-русски! и желательно с кратким пояснением) |
Положение в последовательности белка XYND_BACSU | Клан |
1. | PF04616 | DUF377 | Семейство гликозил гидролаз 43 состоит из арабинаназ. | 38-362 | Клан B Frustosidase (Бета фруктоpидаза) (CL0143), содержит 55 семейства, |
2. | PF03422 | DUF642 | Карбогидратный связывающий модуль (6-ая семья) | 385-512 | Клан GBD (CL0202), содержащее 25 семейств. Полное название: Галактозное связывающее доменоподобное надсемейство. |
Glycosyl hydrolases family 43 - 193 вида; CMBM_6 - 143 вида
Таксон
|
Количество белков с доменом PF03422.
|
|
Эукариоты | Зеленые растения | 3 |
Грибы | 16 | |
Животные | 1 | |
Остальные эукариоты | 1 | |
Бактерии | 519 | |
Археи | 35 |
№ | PFAM ID | Bacillus subtilis |
1. | DUF377 | 7 белков |
2 | DUF642 | 3 |
С точно такой же организацией лишь один белок: Q6YK38_Bacsu, Эндо-1,4-бета-ксиланаза, по сути выполняющая ту же функцию
На основании данных можно сказать, что домены встречаются довольно редко
Домен PF04616 способен к дупликации, а также может находиться как на N, так и на C конце, причем в том числе есть случай, когда этот домен - единственный на белок, и его копии разделены значительным расстоянием. Эта дупликация может быть вызвана геномной перестройкой
B5JKS4_9BACT
C0BUU7_9BIFI
Домен PF03422. Домен способен к дупликации, может находиться на обоих концах, способен образовавывать цепочки и вообще располагается кучно
O07653_9GAMM
Q21HB4_SACD2
Не менее интересен B8GDT4 METPE, в котором цепочка из четырех CBM_6
Самый короткий мотив - CBM_6 (Затравка PROKAR_LIPOPROTEIN не в счет). База данный - PFAM.
Самые длинный мотив - Glyco_hydro-43 по базе данных PANTHER
Структуры представлены 3с7fA (выясненная) и MB Q45071 (предсказанная)
CBM6 чуть длиннее, чем в PFAM, в PANTHER в Glyco_hydro_43 включена затравка, в отличие от PFAM