Проверка DNA 1DFM и RNA 2CV0 на предмет разрывов

DNA: Разрывов нет

RNA: Разрывов нет (показывается две RNA. Вероятно, ошибка при скачивании)

A-, B-, Z- DNA

A-форма (смотря на ДНК сбоку)
 A-форма (смотря в ДНК)
B-форма (смотря на ДНК сбоку)
B-форма (смотря в ДНК)
Z-форма (смотря на ДНК сбоку)
 Z-форма (смотря в ДНК)

Задание №3

Это бороздки для B-DNA.

Заданное азотистое основание - аденин.

Красным выделены те, что смотрят в сторону бороздки, синие - "внутрь" ДНК

 A-формаB-форма*Z-форма
Тип спирали (правая или левая) ПраваяПраваяЛевая
Шаг спирали (Å) 28,0333,7543,5
Число оснований на виток 111012
Ширина большой бороздки 7,98 (А)17,21 (С)9,86 (С)
Ширина малой бороздки 16,81 (А)11,69 (С)18,53 (С)
Торсионные углы для аденина
  Альфа Бета Гамма Дельта Эпсилон Зета Чи
А-ДНК -51.7 174.8 41.7 79.1 -147.8 -75.1 -157.2
В-ДНК -29.9 136.3 31.2 143.3 -140.8 -160.5 -98.0
Торсионные углы

Торсионные углы для A,B,Z-DNA

  Цепь Основание Альфа Бета Гамма Дельта Эпсилон Зета Чи
А-ДНК I 2А (во всех остальных те же значения) -51,7 174,8 41,7 79,1 -147,8 -75,1 -157,2
А-ДНК II 2Т -51,7 174,8 41,7 79,1 -147,8 -75,1 -157,2
B-ДНК I 2А (для всех остальных те же значения) -29,9 136,3 31,2 143,3 -140,8 -160,5 -98,0
B-ДНК II 2Т -29,9 136,3 31,2 143,3 -140,8 -160,5 -98,0
Z-ДНК I 3G (приведена пара значений, прочие совпадают с этими парами) 52.0 179.0 -173.8 94.9 -103.6 -64.8 58.7
Z-ДНК I 4C -139,5 -136,8 50,8 137,6 -96,5 82,0 -154,3
Z-ДНК II 3G -139,5 -136,8 50,8 137,6 -96,5 82,0 -154,3
Z-ДНК II 4C 52.0 179.0 -173.8 94.9 -103.6 -64.8 58.7

Торсионные углы для TRNA 2cv0

Столбцы слишком длинные для копирования. Так что данные тут

Торсионныу углы для ДНК 1DFM

  Более подробно о TRNA 2CV0
  1. Нуклеотиды, как видно на рисунке, практически не перекрываются, поэтому стекинг скорее всего не образуется на конце акцепторного и начале Т-стебля.



    Практически полное перекрытие

  2. Имеются дополнительные водородные связи между основаниями D- и Т-петель:
        554-558
        555-518
        514-508
        515-548
        519-556
    количество канонических пар: 4
    количество неканонических пар: 1

Назад