Исследование природы ДНК-белковых контактов

Скрипт, показывающий:

1)Всю структуру
2)только ДНК в проволочной модели
3)Такую же модель, но с выделенными шариками множеством атомов set1, затем set2 и set3.
Проанализируем ДНК-белковые контакты.
Результаты запишем в таблицу:

Контакты разного типа в комплексе 1DF0.pdb

Контакты атомов белка с Полярные Неполярные Всего
      остатками 2'-дезоксирибозы  9  115  124
      остатками фосфорной кислоты  36  30  66
      остатками азотистых оснований со стороны большой бороздки  14  52  66
      остатками азотистых оснований со стороны малой бороздки  0  4  4


Наибольшее количество контактов с дезоксирибозой (может быть потому, что здесь связи наиболее прочные?). С азотистыми основаниями со стороны малой бороздки- меньше всего (вероятно, из-за малой площади поверхности).

Получение популярной схемы ДНК-белковых контактов с помощью nucplot

Команда: nucplot 1DFM.pdb

Возможные распознающие контакты


Я выбрал эти две аминокислоты, потому что мне кажется, что именно они играю главную роль в специфичном связывании. Их структура повторяется, а также они образуют много водородных связей.

Т-РНК

Предсказание вторичной структуры тРНК


Участок структуры
Позиции в структуре
(по результатам find_pair) 		Результаты предсказания
с помощью einverted 		Результаты предсказания
по алгоритму Зукера
Акцепторный стебель 5' 501-507 3'
5' 566-572 3'
всего 7 пар 		Предсказано 6 из 87 реальных Предсказано 7 пар из 7 реальных
D-стебель 5' 510-513 3'
5' 522-525 3'
Всего 4 пары 		;Предсказано 0 из 4 Предсказано 5 пар из которых 4 реальные
T-стебель 5' 549-552 3'
5' 562-565 3'
Всего 4 пары 		Предсказано 0 из 4 предсказано 0 из 4 реальных
Антикодоновый стебель 5' 527-531 3'
5' 539-543 3'
Всего 5 пар 		Предсказано 5 из 5 реальных Предсказано 5 из 5 реальных
Общее число канонических пар нуклеотидов 20 11 17

Сначала структура РНК предсказывалась с помощью программы einvert. Самый лучший результат был достигнут при штрафе за гэпы - 15, match - 18, все остальное по умолчанию. (результат тут )

Также применялся алгоритм Зукера ( с помощью программы mfold). Поменяв несколько раз параметры, был сделан вывод, что наилучший результат при P=15.