Получение паттерна в банке Prosite

Паттерн: P-x(2)-[LIVMF](2)-[LIVMS]-x-[GDN]-x(3)-[DENL]-x(3)-[LIVM]-x-E-x(4)-[GNQKRH]-[LIVM]-[AP]

По данному мне белку было найдена два паттерна: PS00962 (Ribosomal_S2_1) и PS00963 (Ribosomal_S2_20) Был взят паттерн для второго белка

Описание семейства: S2 принадлежит семейству рибосомальных белков, которая, на основании схожести последовательностей, объединяет:

  • Бактериальные S2
  • S2 водорослей и растений
  • S2 цианобактерий
  • S2 архей
  • P40 высших эукарионт (раньше предполагалось, что это рецептор ламинина)
  • NAB1 дрожжей
  • S2 митохондрий растений
  • MRP4 митохондрий дрожжей

    • Белки S2 содержат от 235 до 394 аминокислот. Содержит два консерватиных региона: в N-конце и в центральной части (для разбора был взят именно второй)

    Точность:90.19%

    Чувствительность: 84.62%


    Создание паттерна

    Паттерн: P-X(2)-[LMI]-F-X-X-D-P-[RK]-K-E-X(2)-A-X(2)-E-A-X(2)-L-X-[IV]-P

    Для создания паттерна были выбраны: Из Firmicutes: RS2_ANOFW, RS2_BACA, RS2_BACAA, RS2_BACAC, RS2_BACAH, RS2_BACAN, RS2_BACC0, RS2_BACC1, RS2_BACC2, RS2_BACC3;

    Из Cyanobacteria: RS_ACAM1, RS2_CYAA5, RS2_CYAP4, RS2_CYAP8, RS2_GLOVI, RS2_MICAN, RS2_NOSP7, RS2_SPIPL, RS2_SYNE7, RS2_SYNJA. Впрочем, их хватило только на создание паттера на 287 найденных последовательностей

    Этот паттерн близок по попаданию к паттерну оригинальному: 94 попадания против 94 по таксону. Однако в то же самое время:
    1. Число верных находок ("True positive hits", TP): 86
    2. Число ложных находок ("False positive hits", FP): 8
    3. Число ненайденных белков подсемейства (ложноотрицательных результатов, "False negatives", FN): 8
    4. Чувствительность: 91,5%
    5. Селективность: 91,5%

    Назад