Полученные для докинга pdbqt файлы следующих лигандов:
NAG
NAG с OH заменой
NAG с NH2 заменой
NAG с H заменой

pdbqt-файл структуры, полученной на прошлом практикуме, а также vina файл

Для подвижной части были выбраны следующие аминокислоты: GLU56, ALA196, ASN190

Логи докинга:
NAG

Три лучших результата:

mode |   affinity | dist from best mode
     | (kcal/mol) | rmsd l.b.| rmsd u.b.
-----+------------+----------+----------
   1         -6.2      0.000      0.000
   2         -5.7      2.025      5.085
   3         -5.7      1.214      2.650

Три лучших результата:

mode |   affinity | dist from best mode
     | (kcal/mol) | rmsd l.b.| rmsd u.b.
-----+------------+----------+----------
   1         -5.6      0.000      0.000
   2         -5.2      1.043      1.782
   3         -5.2      0.867      2.855

Три лучших результата:

mode |   affinity | dist from best mode
     | (kcal/mol) | rmsd l.b.| rmsd u.b.
-----+------------+----------+----------
   1         -5.5      0.000      0.000
   2         -5.1      1.974      3.729
   3         -5.0      2.092      3.694

Три лучших результата:

mode |   affinity | dist from best mode
     | (kcal/mol) | rmsd l.b.| rmsd u.b.
-----+------------+----------+----------
   1         -5.3      0.000      0.000
   2         -5.3      1.330      1.764
   3         -4.9      1.304      3.247

Три лучших результата:

mode |   affinity | dist from best mode
     | (kcal/mol) | rmsd l.b.| rmsd u.b.
-----+------------+----------+----------
   1         -6.1      0.000      0.000
   2         -5.9      1.649      4.565
   3         -5.8      1.148      2.321

Три лучших результата:

mode |   affinity | dist from best mode
     | (kcal/mol) | rmsd l.b.| rmsd u.b.
-----+------------+----------+----------
   1         -5.6      0.000      0.000
   2         -5.2      1.043      1.782
   3         -5.2      0.867      2.855

Три лучших результата:

mode |   affinity | dist from best mode
     | (kcal/mol) | rmsd l.b.| rmsd u.b.
-----+------------+----------+----------
   1         -5.6      0.000      0.000
   2         -5.2      0.918      2.260
   3         -5.1      1.333      1.845

Три лучших результата:

mode |   affinity | dist from best mode
     | (kcal/mol) | rmsd l.b.| rmsd u.b.
-----+------------+----------+----------
   1         -5.3      0.000      0.000
   2         -5.1      1.209      1.729
   3         -4.9      2.185      4.340

Докинг без разбиения на подвижную и неподвижную часть:

Докинг с разбиением:

Добавление разбиения не сильно изменило общую картину, но вот только модифицированный ASN190 "отвернулся" от места зацепления лиганда и по той причине все-таки добавление подвижности ухудшает общую картину