Голубым цветом выделены аминокислоты, образующие водородные связи с галактозой;
желтым - сама галактоза. Крупная серая сфера в центре - атом кальция
Лиганд удерживается водородными связями со многими аминокислотными остатками. Однако технически там не один, а два лиганда. Соответственно, для того, чтобы отсоединить один из них, нужно провести мутацию по Asp101.
Также имеет смысл провести мутацию по Asn103, за которую также удерживается тот же лиганд.
Можно провести мутации по Trp63 и Asn46, чтобы ослабить удерживание NDG - второго лиганда. Но этот лиганд может удержаться водородными связями с атомами азота и кислорода из пептидных связей. Для изменения этой ситуации нужно проводить множественные мутации для того, чтобы зименить конформацию белка в этом регионе.
Для более быстрого получения оптимального результата проще использовать команду не torsion 15, а torsion 30. На картинке искомый белок (сине-зеленого цвета) с метокй (оранжевая)
