Семейство белковых доменов Tropomyosin (PF00261)
1. Описание семейства белковых доменов
Был выбран домен PF00261 (Tropomyosin) из Pfam 38.1.
Функция и структура
Тропомиозин белок, почти целиком состоящий из α-спирали: две его параллельные цепи закручиваются друг вокруг друга, формируя суперспираль (coiled-coil). В каждой цепи имеется по два набора из семи чередующихся участков, через которые белок связывается с актином. Тропомиозин взаимодействует с F-актином и тропонином, и его главная, наиболее изученная функция — регуляция мышечного сокращения: он перекрывает на актиновых филаментах участки, необходимые для связывания миозина, тем самым контролируя актин-миозиновое взаимодействие.
Таксономическая распространённость
Домен встречается почти только у эукариот (17381 из 17418 белков). У архей отсутствует совсем, у бактерий всего 37 белков.
Таблица 1.1. Характеристики семейства PF00261
| Параметр | Информация |
| AC pfam | PF00261 |
| ID pfam | Tropomyosin |
| #SEED | 33 |
| #All | 17K |
| #SW | 96 |
| #architectures | 102 |
| #3D | 79 |
| Taxonomy | |
| #eukaryota | 17381 |
| #archaea | 0 |
| #bacteria | 37 |
2. Описание выравнивания белковых доменов
Таблица 1.3. Характеристики seed-выравнивания
| Параметр | Информация | Комментарий |
| Выравнивание seed | Число последовательностей: 33 Число колонок: 287 | |
| Максимальный достоверный блок, включающий ВСЕ последовательности (МДБ-all) | 228-235 | Только одна консервативная колонка, в блок взята функционально консервативная колонка |
| 100% консервативные колонки в МДБ-all | 235:L | |
| Максимальный достоверный блок, включающий НЕ ВСЕ последовательности (МДБ-notAll) | Колонки 228-247 Последовательности 1-16 | |
| 100% консервативные колонки в МДБ-notAll | 30K 228L 235L 247R 276E | |
| Участок выравнивания, в котором нет никаких достоверных подблоков, и потому маловероятно, что выравнивание на этом участке отражает ход эволюции | 125-167 |
Ссылка на проект Jalview: pr11.jvp
3. Сравнение доменных архитектур
Таблица 1.5. Доменные архитектуры
| Параметр | Информация |
| Доменная архитектура 1 | PF16526 - PF00261 |
| Белок с архитектурой 1 | Q805C3 |
| Доменная архитектура 2 | PF00261 - PF00261 |
| Белок с архитектурой 2 | P17536 |
На по построенной карте локального сходства можно отчётливо увидеть, как один и тот же домен в белке Q805C3 (ось Х) повторяется дважды - это видно по повторению выравнивания со вторым белком остатков ~74-136 и ~195-275. Что соотносится с данными на сайте PFAM.