Исследование природы ДНК-белковых контактов.
1.
Cкрипт, выделяющий множества кислородов.
Второй скрипт.
(последовательное (с паузами) изображение всей структуры, только ДНК
в проволочной модели, той же модели, но с выделенными шариками множеством
атомов set1, затем set2 и set3)
| Контакты атомов белка с | Полярные | Неполярные | Всего |
| остатками 2'-дезоксирибозы | 1 | 18 | 19 |
| остатками фосфорной кислоты | 9 | 11 | 20 |
| остатками азотистых оснований со стороны большой бороздки | 5 | 5 | 10 |
| остатками азотистых оснований со стороны малой бороздки | 0 | 0 | 0 |
Схема ДНК-белковых контактов.
Картинка из RasMol.
Взаимодействия:
цитозин 23 с аргинином 26,
гуанин 21, с аргинином 22,
аденина 22 c аргинином 26
Сравнительная таблица основных компонентов структуры реальной и предсказанной тРНК 1gtr.
| Участок структуры |
Позиции в структуре (по результатам find_pair) | Результаты предсказания по алгоритму Зукера |
| Акцепторный стебель | 5' 2-7 3' 5' 66-71 3' |
Предсказано 6 из 6 реальных пар. |
| D-стебель | 5' 10-12 3' 5' 23-25 3' |
Предсказаны 3 из 3 реальных. |
| T-стебель | 5' 49-53 3' 5' 61-65 3' |
Предсказаны 5 из 5 реальных пар. |
| Антикодоновый стебель | 5' 37-44 3' 5' 26-33 3' |
Предсказано 5 из 8 реальных. |
| Общее число канонических пар нуклеотидов | 20 | 19 |
Картинку, выданную алгоритмом Зукера можно посмотреть здесь
