Задания 1 и 2.
Найдено 3 мотива во всех последовательностях. См. здесь. (мотивы отмечены фигурными скобками в верхней строке)
Мотив 3 частично не выровнен программой muscle. (см. раскраску выравнивания)
| Номер мотива |
Длина |
Относительная энтропия |
P-value |
Координаты в PPAC_Bacsu |
| 1 |
50 |
169,3 бит |
2.07e-56 |
72-121 |
| 2 |
41 |
130,0 бит |
5.2e-46 |
122-162 |
| 3 |
29 |
95,5 бит |
4.03e-33 |
2-30 |
Задание 3.
Результаты поиска мотивов, найденных программой MeMe в последовательностях выравнивания seed из прошлого занятия см. здесь.
Всего 95 последовательностей, из них ни одна не содержит все три мотива. 2 и 3 содержат 22 посл-ти, только 3 - 53 посл-ти, толко 2 - 3 посл-ти,
только 1 - 4, ни одного - 13.