Исследование аминокислотного состава белка PPAC_Bacsu с помощью программы MS Excel.

• 1.Последовательность белка в формате FASTA.
• 2.Длина последовательности.
• 3.Молекулярная масса белка.
• 4.Аминокислотный состав.
• 5.Средний электрический заряд молекулы.
• 6.Сравнение со средним аминокислотным составом белков Bacillus subtilis и с составом мембранных белков той же бактерии.
• 7.Дополнительные исследования.

 1.>sp|P37487|PPAC_BACSU putative manganese-dependent inorganic pyrophosphatase
MEKILIFGHQNPDTDTICSAIAYADLKNKLGFNAEPVRLGQVNGETQYALD
YFKQESPRLVETAANEVNGVILVDHNERQQSIKDIEEVQVLEVIDHHRIANF
ETAEPLYYRAEPVGCTATILNKMYKENNVKIEKEIAGLMLSAIISDSLLFK
SPTCTDQDVAAAKELAEIAGVDAEEYGLNMLKAGADLSKKTVEELISLDAKE
FTLGSKKVEIAQVNTVDIEDVKKRQAELEAVISKVVAEKNLDLFLLVITDI
LENDSLALAIGNEAAKVEKAFNVTLENNTALLKGVVSRKKQVVPVLTDAMAE
  

 2.Длина - 309 аминокислотных остатков.

 3.Весит белок 33931 а.е.м., или, если считать более точно (по данным с http://kodomo.fbb.msu.ru/FBB/BasicData/aa.htm)
- 33993,26 а.е.м., что есть примерно 5,64*10^-20 г.
см. вычисления в PPAC_BACSU.xls стр.aa_mass 

 4.

     

         
  

        
         
     

     
 
   
 Самая частая аминокислота - аланин, 
а триптофана вообще нет...
Вычисления см. там же, лист aa_frequencies
     
 

        
         
 
       
  

 5.Средний электрический заряд молекулы при pH=7: -17е, если считать, как сказано в задании, -17,381e, если считать,
пользуясь данными из pKa.txt (диск p) через pKa аминокислот по формуле
1/(10^(pH-pKa)+1) для положительного и -(10^(pH-pKa)/(10^(pH-pKa)+1)) для отрицательного.
(10^(pH-pKa) есть отношение концентраций непротонированной и протонированной форм.)
Вычисления см. там же, лист pKa

 6.
 
На диаграммах:
1 - явно гидрофобные аминокислоты, 2 - явно гидрофильные, 3 - все остальные.
Белок, видимо не является мембранным, потому что, как видно из диаграммы, гидрофобных и гидрофильных аминокислотных остатков
в нем примерно поровну, что не свойственно для мембранных белков.
Вычисления см. там же, лист HPhob_comparison 

 7.Если расчитать зависимость заряда белка от pH по формулам из п.5, используя данные изнескольких разных источников: pKa.txt, 
http://kodomo.fbb.msu.ru, http://ru.wikipedia.org соответственно, получаются достаточно разные графики:

(Вычисления см. там же, лист pKa)
Однако ответы, полученные при подсчете изоэлектрической точки (где заряд равен 0) разнятся не так сильно: примерно
4.9; 4.6; 4.4 соответственно.Все три расчета сходятся в том, что изоэлектрическая точка находится где-то между 4 и 5,
и что у соответствующего графика есть две "ступеньки".
Профиль гидрофобности еще раз подтверждает, что белок немембранный (т.к. в нем нет регулярных участков гидрофобных аминокислот). см. HPhob_profile
   


Исследование распределения длин белков B.subtilis.

Мой белок средней длины - таких еще 723.
см. prot_length