Примеры контактов между атомами боковых цепей белка PPAC_BACSU.

1.Пример гидрофобного контакта.
  
На картинках показаны контакты остатка PHE7:B. 

2.Водородные связи.

-связь OН-O

(У серина показаны две альтернативные конфигурации)
-связь NН-N
 Таких нет в моем белке, в чем можно убедиться, подставляя в скрипт be.spt  аминокислоты, боковые группы которых содержат азот. 

В первом случае донором является кислород THR, так как кислород SER получает меньше эл. плотности от "своего" углерода из-за
отсутствия второго углерода (CG2), соединенного с первым и подкачивающим в него электронную плотность, а значит является акцептором.

3.Дисульфидные мостики.

В моем белке нет такого вида связей, поэтому выше представлен дисульфидный мостик инсулина. (один из шести)