На главную
Таблица. Измерение торсионных углов остатка GLN10 в белке PPAC_BACSU, цепь А

Название
двугранного NN
угла 		Угол определяется по координатам атомов
(обращение к атому в соответствие с синтаксисом RasMol,
в скобках - название атома) 		Данный угол описывает
поворот вокруг связи 		Результат измерения
с помощью RasMol
φ
  1. HIS9:A.C (карбонильный углерод 9-го остатка цепи А)
  2. GLN10:A.N (азот 10-го остатка цепи А)
  3. GLN10:A.CA (α -углерод 10-го остатка цепи А)
  4. GLN10:A.C (карбонильный углерод 10-го остатка цепи А)
N10 - C&alpha10 -56,19
ψ
  1. GLN10:A.N (азот 10-го остатка цепи А)
  2. GLN10:A.CA (α -углерод 10-го остатка цепи А)
  3. GLN10:A.C (карбонильный углерод 10-го остатка цепи А)
  4. ASN11:A.N (азот 11-го остатка цепи А)
C&alpha10 - C10 155,12
ω
  1. GLN10:A.CA (α -углерод 10-го остатка цепи А)
  2. GLN10:A.C (карбонильный углерод 10-го остатка цепи А)
  3. ASN11:A.N (азот 11-го остатка цепи А)
  4. ASN11:A.C (карбонильный углерод 11-го остатка цепи А)
C10 - N11 -174.71

Схема для расчета угла φ

Карты Рамачандрана

Комментарий: Можно заметить, что точки, отвечающие вторичным структурам, в целом, сгруппированы значительно лучше, чем точки, отвечающие одной аминокислоте. Видимо, периодическое повторение этих конформаций приводит к появлению водородных связей, необходимых для образования α-спиралей и β- листов. При этом правый нижний угол карт пустует, и если для пролина там действительно нет разрешенных зон, то, например, для глицина такое распределение, видимо, не несет глубокого смысла.
© Червонцева,2009