A- и В- формы ДНК. Структура РНК.
1. A-форма gatc-a.pdb B-форма gatc-b.pdb
Z-форма gatc-z.pdb
2. В структурах, предложенных к расмотрению, разрывов нет.
РНК
Только РНК в PDB-формате
ДНК
Только ДНК в PDB-формате
3. Был выбран одиннадцатый тимин цепи А. В z-форме тиминов не оказалось.
4.
| | A-форма | B-форма | *Z-форма |
| Тип спирали (правая или левая) |
правая | правая | левая |
| Шаг спирали (Å) |
28.03 | 33.75 | 43.50 |
| Число оснований на виток |
11 | 10 | 12 |
| Ширина большой бороздки |
16.97(C28:B) | 17.21(A26:B) | 18.30(G17:A) |
| Ширина малой бороздки |
7.98(C28:B) | 11.69(A26:B) | 8.68(G17:A) |
5.
| Торсионные углы для тимидина |
alpha |
beta |
gamma |
delta |
epsilon |
zeta |
chi |
А-форма
Презентация |
-62 |
173 |
52 |
88 или 3 |
178 |
-50 |
-160 |
| А-форма |
-51.71 |
174.79 |
41.72 |
79.08 |
-147.78 |
-75.12 |
-157.20 |
B-форма
Презентация |
-63 |
171 |
54 |
123 или 131 |
155 |
-90 |
-117 |
| B-форма |
-29.87 |
136.38 |
31.10 |
143.42 |
-140.77 |
-160.52 |
-97.95 |
С табличными данными плохо сходятся эпсилон и дзэта.
© Червонцева,2010