Эволюционные домены. Pfam.

Для заданного домена DHH (FP01368) были выбраны архитектуры DHH+DHHA1 и DHH+DHHA2.

Семейство DHH - это предсказанное семейство пирофосфоэстераз (расщепляют эфирную связь между фосфатом и остатком спирта) Домен DHH найден в 4903 последовательностях 2067 видов. Среди бактерий: 4378 последовательностей, 1862 вида; среди архей: 365 и 96; среди эукариот: 140 и 113 соответственно. (Здесь цифры уже не сходятся, потому что в сумме по трем категориям получается 2071 вид, в то время как их всего должно быть 2067. Видимо, глюк Pfam.) Вычитанием получаем, что среди вирусов 20 последовательностей.
ссылка Pfam
файл с выборкой последовательностей
файл с обработанным выравниванием.
дерево в формате Newick
Полученное филогенетическое дерево.
1-DHH+DHHA1 2-DHH+DHHA2

Две доменных архитектуры по дереву не пересекаются. Это значит, что они практически не превращаются друг в друга. В пользу дерева говорит то, что археи почти всегда ближе всех к корню. Вирусные белки при этом оказались на противоположных концах дерева. В целом, таксоны довольно сильно перемешаны, и это, возможно, говорит о том, что доменная организация является, в данном случае, более сильным фактором эволюции доменного участка последовательноси, чем филогения организма хозяина. Поэтому кажется невозможным установить, какой тип организации возник из какого и как часто они друг в друга переходят и переходят ли вообще.