Классификация ферментов. Метаболические пути.

1.
 
EC код фермента PPAC_BACSU - 3.6.1.1
3 - гидролаза (Hydrolase);
3.6 - работает с ангидридами кислот (Acting on acid anhydrides);
3.6.1 - эти ангидриды содержат фосфор (In phosphorus-containing anhydrides);
3.6.1.1 - неорганическая дифосфатаза (Inorganic diphosphatase).

 Уравнение и схема реакции:


2.

Данный фермент согласно БД KEGG участвует только в одном метаболическом пути.
 
 
KEGG ID 
 
       
Английское название
 
      
Русское название
 
 
bsu00190
Oxidative phosphorylation
Окислительное фосфорилирование
 
 
 карта этого пути 

3.

 
 
KEGG ID 
 
       
Английское название
 
      
Русское название
 
      
Структурная формула
 
C00078
L-Tryptophan
L-триптофан
 
 
C01598
Melatonin
мелатонин

 

4.

Выбранная цепочка ферментативных реакций:
путь: метаболизм триптофана,
цепочка: L-триптофан -> мелатонин

 карта этого пути


5.

 
  
Возможность выбранной цепочки ферментативных в разных организмах с известными полными геномами.
 
  
 
   
Организм
 
   
Возможна ли цепочка реакций
(да/нет/неизвестно)
 
   
Обоснование
 
  
  
  
 
 
   
Escherichia coli K-12 MG1655
 
   
да
 
   
 
 
  
 
  
 
   
Archaeoglobus fulgidus 
 
   
да
 
 
   
 
 
  
 
 
  
 
 
   
Arabidopsis thaliana
 
   
да
 
   
 
 
  
 
  
 
   
Homo sapiens
 
   
да
 
   
 
 
 
  
 
  
 


6. 

Запрос: (([uniprot-ID:*_HUMAN*] | [uniprot-ID:*_ARCFU*]) &  [uniprot-ECNumber:2.1.1.63*]) 
В обоих организмах нашлось по одному белку.

Белок человека содержит на один домен больше: PF02870 - Methylguanine DNA methyltransferase, ribonuclease-like.
Оба содержат домен PF01035 - Methylated-DNA-[protein]-cysteine S-methyltransferase, DNA binding.
Функции совпадают: Methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase;

Лучшая двусторонняя находка для гена человека: из Methanosarcina acetivorans
NCBI-GeneID:1476216, длина выравнивания - 238, identity - 0.353 .

Лучшая двусторонняя находка для гена археи: из Physcomitrella patens subsp. patens
NCBI-GeneID:5942185, длина выравнивания - 214, identity - 0.4 .

Таким образом, одинаковые ферменты далеких организмов сильно различаются (низкое identity, разный набор доменов). 
 







© Червонцева,2011