Выбор белка
С помощью расширенного поиска UniProt находим все доступные в базе данных данные о белках необходимой бактерии. Для этого в тег OS вводим название бактерии. Поскольку по бактерии lactobacillus amylovorus GRL1118 не было ничего найдено, то для дальнейшей работы я использовала данные другого штамма Lactobacillus amylovorus GRL1112
Рис 1. Расширенный поиск
Поиск выдал 2 082 результатов. Среди них были выбраны максимально аннотированные белки (12 с уровнем аннотации 4/5). Среди них был выбран белок с id: E4SJH8 · E4SJH8_LACAR
Рис 2. Результаты поиска
Информация о белке
Данный белок является гетеродимером, он действует как АТФ-зависимая ДНК-хеликаза и АТФ-зависимая двунаправленная одноцепочечная экзонуклеаза. Распознает chi-сайт, генерируя молекулу ДНК, подходящую для инициации гомологичной рекомбинации. Домен AddA-нуклеазы необходим для генерации chi-фрагмента; эта субъединица обладает активностью хеликазы и 3' -> 5' нуклеазы. Являетсяется катализатором реакций:
1) ATP + H2O = ADP + phosphate + H+
2) Раскручивание дуплексной ДНК путем транслокации в направлении 3'-5'
Рис 3. Реакция гидролиза АТФ
Кластеры похожих белков
Для поиска кластеров я использовала базу UniRef, а в качестве запроса UniProtKB ID/AC (E4SJH8). Было получено три результата с ID: UniRef100_E4SJH8, UniRef90_A0A0R1VC26, UniRef50_Q5FJX0. Самый большой - UniRef50_Q5FJX0 (602 members), самый маленький - UniRef100_E4SJH8 (1 member)
Рис 4. Результаты поиска кластеров
Поисковые запросы(не завершен)
Наличие белка у вирусов
Поиск по taxonomy_id и EC
По запросу (taxonomy_id:10239) AND "ATP-dependent helicase/nuclease subunit A" был найден один результат - A0A125V5D1 (Организм: Peptoclostridium phage phiCDIF1296T). Название белка не соответствовало тому, что мне был нужен, и не была прописана функция, однако этот белок катализировал ту же реакцию, и кодировался тем же геном, что и
ATP-dependent helicase/nuclease subunit A (E4SJH8).
Поиск по taxonomy_id и All
По запросу (taxonomy_id:10239) AND (ec:5.6.2.4) было найдено 884 результата. С уровнем аннотации 5/5 у организмов KI polyomavirus (isolate Stockholm 380), Murine polyomavirus (strain BG), Mus musculus polyomavirus 1 и т. д.
Наличие белка у человека
У человека тоже встречается такой белок. По запросу (taxonomy_id:9606) AND (ec:5.6.2.4) было найдено 36 результатов.
Распространенность белка у эукариот и прокариот
Для того, чтобы узнать насколько распространен данный белок у эукариот и прокариот, в расширенном поиске я ввела (ec:5.6.2.4) AND (taxonomy_id:2759) для эукариот и (ec:5.6.2.4) AND (taxonomy_id:2) для прокариот. В первом случае было получено 33 423 результата, а во втором 2 573.
