Гомология и выравнивание

ID семейства белковых доменов из базы Pfam

Выбранное семейство: Kringle

AC: PF00051

ID: Kringle

Full Name: Kringle domain

seed: 23

full: 29186

Крингл-домены характерны для плазминогена, протромбина и аполипопротеина А. Структура домена стабилизирована тремя дисульфидными мостиками (картинки представлены ниже). Также в своем составе имеют лизин-связывающие сайты, которые обеспечивают белок-белковое взаимодействие

аэаэ аэаэ

Наиболее распространены среди эукариот

Описание выравнивания seed с точки зрения гомологичности всех последовательностей или их подмножества

Выравнивание seed 23 последовательности, 85 колонок
Максимальный достоверный блок, включающие все последовательности (МДБ-all)
100% консервативные колонки в МДБ-all
Максимальный достоверный блок, включающие не все последовательности (МДБ-notAll)
100% консервативные колонки в МДБ-notAll
Участок выравнивания, в котором нет никаких достоверных подблоков

Карта локального сходства (dotplot)

Доменная архитектура 1 PF00024 - PF00051
Белок с архитектурой 1 Q8C4E2
Доменная архитектура 2 PF00051 - PF07714
Белок с архитектурой 2 Q24488

На карте локального сходства можно увидеть, что разрывов нет. Это значит что гэпы отсутствуют.

аэаэ
аэаэ