Гомология и выравнивание
ID семейства белковых доменов из базы Pfam
Выбранное семейство: Kringle
AC: PF00051
ID: Kringle
Full Name: Kringle domain
seed: 23
full: 29186
Крингл-домены характерны для плазминогена, протромбина и аполипопротеина А. Структура домена стабилизирована тремя дисульфидными мостиками (картинки представлены ниже). Также в своем составе имеют лизин-связывающие сайты, которые обеспечивают белок-белковое взаимодействие
 |
 |
|---|
Наиболее распространены среди эукариот (Хордовые)
Описание выравнивания seed с точки зрения гомологичности всех последовательностей или их подмножества
| Выравнивание seed | 23 последовательности, 85 колонок |
|---|---|
| Максимальный достоверный блок, включающие все последовательности (МДБ-all) | Колонки 1-11 |
| 100% консервативные колонки в МДБ-all | С:1, G:6, Y:9, G:11 |
| Максимальный достоверный блок, включающие не все последовательности (МДБ-notAll) | Последовательности 1-7, колонки: 1-25 |
| 100% консервативные колонки в МДБ-notAll | C:1, G:6, Y:9, R:10, G:11, 18:[ST], G:19, C:22, W:25 |
| Участок выравнивания, в котором нет никаких достоверных подблоков | Колонки 34-40 |
Проект Jalview
Карта локального сходства (dotplot)
| Доменная архитектура 1 | PF00024 - PF00051 |
|---|---|
| Белок с архитектурой 1 | Q8C4E2 |
| Доменная архитектура 2 | PF00051 - PF07714 |
| Белок с архитектурой 2 | Q24488 |
На карте локального сходства можно увидеть, что разрывов нет. Это значит что гэпы отсутствуют.
