Гомология и выравнивание
ID семейства белковых доменов из базы Pfam
Выбранное семейство: Kringle
AC: PF00051
ID: Kringle
Full Name: Kringle domain
seed: 23
full: 29186
Крингл-домены характерны для плазминогена, протромбина и аполипопротеина А. Структура домена стабилизирована тремя дисульфидными мостиками (картинки представлены ниже). Также в своем составе имеют лизин-связывающие сайты, которые обеспечивают белок-белковое взаимодействие
Наиболее распространены среди эукариот
Описание выравнивания seed с точки зрения гомологичности всех последовательностей или их подмножества
| Выравнивание seed | 23 последовательности, 85 колонок |
|---|---|
| Максимальный достоверный блок, включающие все последовательности (МДБ-all) | |
| 100% консервативные колонки в МДБ-all | |
| Максимальный достоверный блок, включающие не все последовательности (МДБ-notAll) | |
| 100% консервативные колонки в МДБ-notAll | |
| Участок выравнивания, в котором нет никаких достоверных подблоков | |
Карта локального сходства (dotplot)
| Доменная архитектура 1 | PF00024 - PF00051 |
|---|---|
| Белок с архитектурой 1 | Q8C4E2 |
| Доменная архитектура 2 | PF00051 - PF07714 |
| Белок с архитектурой 2 | Q24488 |
На карте локального сходства можно увидеть, что разрывов нет. Это значит что гэпы отсутствуют.