Поиск протеома

Ранее я изучала Lactobacillus amylovorus GRL1118. По запросу GCA_000194115.1 в базе Proteomes в UniProt был найден 1 протеом (ссылка ниже)

Протеом Lactobacillus amylovorus GRL1118

Идентификатор геномной сборки в RefSeq: GCF_000194115.1; Идентификатор INSDC (GenBank/ENA/DDBJ): GCA_000194115.1

ID: UP000008140

Status: Избыточный протеом. Этот протеом избыточный для UP001321306

Рис 1. Протеом Lactobacillus amylovorus GRL1118

Поиск и скачивание референсного протеома

Найдем референсный протеом среди других штаммов. По запросу (taxonomy_id:1604) AND (busco:[99 TO *]) в базе Proteoms в UniProt было найдено 40 протеомов. Для дальнейшей работы я выбрала штамм Lactobacillus amylovorus 30SC (ID: UP000007491)

Протеом Lactobacillus amylovorus 30SC

Команда для установки записи: wget 'https://rest.uniprot.org/uniprotkb/stream?compressed=true&format=txt&query=(proteome:UP000007491)' -O UP000007491.swiss.gz