В подавляющем большинстве случаев (382000) белки принадлежат животным, причем большая часть приходится на позвоночных.
#archaea
Археи лишены белков из этого семейства.
#bacteria
8 белков принадлежит бактериям.
Белки из данного домена как правило несут функцию трансмембранных рецепторов, в их 3D-структуре встречаются альфа-цепи, встроенные в мембрану (так, у опсинов 7 альфа спиралей). Эти белки могут играть важную роль в клеточном метаболизме, активируя G-белки и запуская тем самым внутриклеточные каскады. Опсины также могут поглощать свет, обеспечивая зрение многим животным.
3
Выравнивание seed
63 последовательности, 802 колонки.
Максимальный достоверный блок, включающие ВСЕ последовательности (МДБ-all)
799-802*
100% консервативные колонки в МДБ-all
114: R; 799: P. Color above identity threshold 100%.
Максимальный достоверный блок, включающий НЕ ВСЕ последовательности. (МДБ-notAll)
Колонки от 798-й до 802-й. Последовательности от 7-й до 15-й.
100% консервативные колонки в МДБ-notAll
2: N (62 из 63); 802: Y (62 из 63)
Участок выравнивания, в котором нет никаких достоверных подблоков, и потому маловероятно, что выравнивание на этом участке отражает ход эволюции.
167-188. На всем этом промежутке нет достоверных блоков; тем не менее, относительно общей длины белков он невелик, поэтому можно сделать вывод, что данное выравнивание довольно верно отображает гомологию бошльшей части последовательностей.
* Эти колонки окрашиваются даже при 98%-м пороге, и между ними нет гэпов.
Карта демонстрирует высокое сходство в доменной архитектуре данных белков, что неудивительно, так как они состоят из одинаковых доменов, хотя у первого белка домен встречается дважды, а у второго единожды. Линия на карте прерывистая, видно, что у обоих белков схожие участки чередуются с уникальными, причем у белка P04001 больше участков, отсутствующих у P34974, чем у P34974 участков, отсутствующих у P04001; длина домена PF00001 у P04001 больше, чем совокупная длина повторяющихся доменов у P34974.
