Для выполнения этого практикума я выбрал белок ЦТФ-синтазу археи Thermococcus peptonophilus (идентификатор AC A0A142CWY2), про которую в первом семестре писал мини-обзор. Для этого я ввел в поиск UniProtKB название археи (organism_id:53952) и установил фильтр по аннотированности последовательности. Для моего вида в базе данных есть только восемь белков с показателем аннотированности 4 из 5, я выбрал этот, потому что он был крайним в списке.
Функция данного фермента - синтез ЦТФ путем присоединения аминогруппы из радикала L-глутамина к УТФ за счет энергии гидролиза АТФ.
Чтобы найти больше информации об этом белке, я воспользовался расширенным поиском в UniProtKB по идентификатору гена (genName:pyrG). Полученные результаты (всего 39576) я сгруппировал по таксономии. Большинство результатов (36761) относятся к бактериям; также этот ген обнаружен у архей (2578) и эукариот (145) и даже у вируса-бактериофага MD-2021a.
Я также провел поиск по организму и классу фермента: (organism_id:53952) AND (ec:6). Для Thermococcus peptonophilus известно 55 лигаз из четырех подклассов: 24 (в том числе и раасматриваемая мной ЦТФ-синтаза) - создающие C-N связи, 20 - C-O связи, 7 - C-S связи и 4 - фосфоэфирные связи.
Кроме того, я провел поиск по таксону (Археи) и классу: (taxonomy_id:2157) AND (ec:6). В базе UniProt есть 157633 записи, относящиеся к лигазам архей, из которых 69634 образуют C-N связи, 65537 - C-O связи, 11109 - C-S связи, 9373 - фосфоэфирные, 1415 - C-C и 597 - N-Me связи. Таким образом, можно сделать вывод, что из 6 подклассов лигаз, представленных у архей, у T. peptonophilus известно только 4 наиболее часто встречающихся.