Рис. 1. Результат blastn.
Рис. 2. Результат megablast.
Рис. 1. Результат blastn.
Рис. 2. Результат megablast.
Я провел выравнивания геномов вируса гепатита С (генотип 1 и генотип 3). Геномы были найдены на сайте NCBI по запросу "Hepatitis C virus".
Как и следовало ожидать, два генотипа различаются очень незначительно, поэтому линии на обоих графиках явно лежат почти на одной прямой. Blastn способен выравнивать менее похожие последовательности, чем megablast, поэтому его выравнивание больше. Вероятно, у рассматриваемых вирусов чаще всего происходят мутации на участках 2600-4000 и 6200-7600, поэтому megablast не смог выравнять их.