Учебный сайт Ивана Федорова


Практикум 3

Упр.1.

A-форма ДНК. B-форма ДНК. Z-форма ДНК.

Упр.2.

Bootstrap

Аденин 6: в сторону большой бороздки обращены атомы a6.c8, a6.n7, a6.c5, a6.c6, a6.n6; в сторону малой бороздки - атомы a6.c2 и a6.n3.

A-формаB-формаZ-форма
Тип спирали (правая или левая)ПраваяПраваяЛевая
Шаг спирали (Å)28.133.943.6
Число оснований на виток111012
Ширина большой бороздки9.7(B/DT'27/P-A/DT'7/P)20.7(A/DA'10/P-B/DA'26/P)14.5(B/DG'37/P-A/DC'10/P)
Ширина малой бороздки18.4(A/DA'18/P-B/DT'27/P)13.1(B/DC'36/P-A/DA'10/P)29.1(A/DC'10/P-B/DG'25/P)

Упр.3.

Была проанализирована молекула тРНК 1tra.

Файл с результатами анализа.

Координаты стеблей: акцепторный стебель [1:7, 66:72]; D-стебель [10:25] антикодонный стебель [26:44]; Т-стебель [49-65].

Неканоничные взаимодействия: GU[4-69], TA[54-58], PG[55-18], AU[36-33], AC[38-32], PA[39-31], AG[44-26], AU[14-8], GC[15-48]

Дополнительные водородные связи третичной структуры: P55-G18, A14-U8, G15-C48, G19-C56.

Наибольшее перекрывание заметно у пар G18-P55 и U54-A58:

Bootstrap