Рис.1. Структура 1tra, предсказанная алгоритмом Зукера.
Упр.1.
Рис.1. Структура 1tra, предсказанная алгоритмом Зукера.
| Участок структуры | Акцепторный стебель | D-стебель | Антикодоновый стебель | T-стебель | Общее число канонических пар нуклеотидов |
| Позиции в структуре (по результатам find_pair ) | 1-7, 66-72 | 10-25 | 26-44 | 49-65 | 20 |
| Результаты предсказания с помощью einverted | - | - | 22-48 | 49-65 | 6 |
| Результаты предсказания по алгоритму Зукера | 1-7, 66-72 | 10-25 | 27-43 | 49-65 | 20 |
Упр.2.
В этом задании я анализировал структуру 1a1f.
Скрипты для JMol: первый (с определениями множеств кислорода в 2'-дезоксирибозе и остатке фосфорной кислоты и азота в азотистых основаниях) и второй (выдающий последовательное изображение всей структуры, только ДНК в проволочной модели, той же модели, но с выделенными шариками множеством атомов set1, затем set2 и set3).
| Контакты атомов белка с: | Полярные | Неполярные | Всего |
| остатками 2'-дезоксирибозы | 0 | 1 | 1 |
| остатками фосфорной кислоты | 4 | 4 | 8 |
| остатками азотистых оснований со стороны большой бороздки | 13 | 2 | 15 |
| остатками азотистых оснований со стороны малой бороздки | 0 | 0 | 0 |
Рис.2. Популярная схема ДНК-белковых контактов, составленная с помощью nucplot.
Наибольшее число контактов с ДНК - 2 - имеет Asp148(A), а наиболее важен Lys179(A), так как это единственный остаток в своей спирали, связаный с C-цепочкой ДНК.
Рис.3. Asp148(A) и связанные с ним нуклеотиды Т54 и С55.
Рис.4. Lys179 и связанный с ним нуклеотид А58.