Рис.1. Филогенетическое дерево цитохромов B, построенное программой fastme по модели p-distance.
Рис.2. Это же дерево, построенное по модели MtREV.
Рис.3. Это же дерево, построенное программой iqtree.
Рис.4. Филогенетическое дерево животных, построенное на основании их таксономии.
Вид
Мнемоника
Channa asiatica
CHAAI
Hypseleotris compressa
HYPCM
Mytilus edulis
MYTED
Petromyzon marinus
PETMA
Lampetra fluviatilis
LAMFL
Metridium senile
METSE
Sarcophyton glaucum
SARGL
Hystrix africaeaustralis
HYSAF
Apis mellifera ligustica
APILI
Caiman crocodilus
CAICR
Как видно из рисунков, из трех деревьев цитохромов ошибок в реконструкции клад не содержит только второе (построенное программой fastme по модели MtREV). Ни в первом, ни в третьем дереве не реконструирована клада первичноротых, представленная мидией Mytilus edulis и пчелой Apis mellifera ligustica; вместо этого на первом дереве пчела, а на третьем мидия объединена с вторичноротыми (все остальные виды, кроме коралловых полипов Metridium senile и Sarcophyton glaucum). Кроме того, в первом дереве ошибочно создана клада, объединяющая миног (Petromyzon marinus и Lampetra fluviatilis) с лучеперыми рыбами (Channa asiatica и Hypseleotris compressa), в то время как в реальности лучеперые рыбы должны составлять кладу с тетраподами (Hystrix africaeaustralis и Caiman crocodilus).
