Учебный сайт Ивана Федорова

Практикум 4

Для выполнения этого задания я выбрал протеомы ACICJ, BARHE, ECOLI, HAEIN, NEIMA, RHIME, SHEDO, YERPE. С помощью программы BLAST я нашел в них 28 гомологов белка CLPX_ECOLI:

Выдача BLAST

Было проведено выравнивание, на основании его построено дерево найденных гомологов.

Bootstrap

Дерево с окрашенными группами ортологов

Bootstrap

Дерево со "схлопнутыми" группами ортологов. Как показано на предыдущем изображении, эти группы образованы АТФазными субъединицами АТФ-зависимых протеаз HSLU (зеленые), АТФ-связывающими субъединицами АТФ-зависимых протеаз CLPX (синие) и АТФ-зависимыми цинковыми протеазами FTSH (красные). CLPX представлены у всех 8 бактерий, HSLU - у 7, FTSH - у 6. Филогении самих бактерий полностью соответствует только ветвь FTSH. В ветвях CLPX и HSLU HAEIN не принадлежит к кладе, образованной SHEDO, ECOLI и YERPE. Кроме того, в ветви HSLU ACICJ не образует кладу с BARHE и RHIME.

Помимо указанных выше групп, на дереве также видны следующие пары ортологов: RUVB_NEIMA - RUVB_BARHE; A0A5P8YGZ0_YERPE - CLPA_ECOLI. Можно также привести примеры паралогов: A0A5P8YB42_YERPE - HSLU_YERPE; A0A0U1RJ22_NEIMA - RUVB_NEIMA; RUVB_BARHE - A0A0H3LWC8_BARHE.