4rlc - наружный мембранный порин F (Outer membrane porin F PORF_PSEAE, P13794) синегнойной палочки. Образует каналы в цитоплазматической мембране, обеспечивает поддержание формы и способность расти в гипоосмолярной среде.
| Координаты трансмембранных участков из OPM | 5-14 | 28-35 | 43-48 | 68-77 | 84-94 | 112-122 | 129-137 | 150-158 |
| Те же координаты с поправкой на сигнальную последовательность | 30-39 | 53-60 | 68-73 | 93-102 | 109-119 | 137-147 | 154-162 | 175-183 |
| Координаты трансмембранных участков из DeepTMHMM | 30-38 | 52-61 | 65-72 | 93-100 | 109-117 | 137-145 | 152-159 | 175-182 |
Результаты работы программы DeepTMHMM
Предсказания DeepTMHMM: на первом графике показано вероятное расположение участков белка, на втором - вероятность, с которой каждый участок может быть отнесен к наружной (синий цвет) или внутренней (зеленый) стороне мембраны. Бета-слои обозначены красным цветом.
Количество β-тяжей, предсказанных DeepTMHMM, совпадает с данными из OPM. При этом в OPM-файле отсутствуют первые 25 аминокислот, которые DeepTMHMMобозначила как Signal, поэтому координаты всех аминокислот сдвинуты на 25. С учетом этой поправки можно сказать, что DeepTMHMM довольно точно предсказала все трансмембранные участки: все они почти полностью перекрываются с участками, отмеченными в OPM.
6akf - клаудин-3 (Claudin-3 CLD3_MOUSE, Q9Z0G9) мыши. Участвует в создании плотных контаков между клетками эпителия, позволяя контролировать потоки вещества в межклеточном пространстве. Состоит из двух цепей, одна из которых содержит четыре трансмембранных участка.
| Координаты трансмембранных участков из OPM | 4-25 | 76-98 | 117-139 | 161-181 |
| Координаты трансмембранных участков из DeepTMHMM | 9-29 | 81-101 | 116-136 | 160-180 |
Результаты работы программы DeepTMHMM
Предсказания DeepTMHMM
Как видно из таблицы, предсказания DeepTMHMM почти полностью совпадают с данными, полученными из OPM.