4rlc - порин F наружной мембраны (Outer membrane porin F PORF_PSEAE, P13794) синегнойной палочки. Образует каналы в цитоплазматической мембране, обеспечивает поддержание формы и способность расти в гипоосмолярной среде.
Табл.1. Предсказания OPM и DeepTMHM для 4rlc.
| Координаты трансмембранных участков из OPM | 5-14 | 28-35 | 43-48 | 68-77 | 84-94 | 112-122 | 129-137 | 150-158 |
| Те же координаты с поправкой на сигнальную последовательность | 30-39 | 53-60 | 68-73 | 93-102 | 109-119 | 137-147 | 154-162 | 175-183 |
| Координаты трансмембранных участков из DeepTMHMM | 30-38 | 52-61 | 65-72 | 93-100 | 109-117 | 137-145 | 152-159 | 175-182 |
Результаты работы программы DeepTMHMM
Рис.1. Предсказания DeepTMHMM: по горизонтали - координаты участков белка, по вертикали на первом графике показано их вероятное расположение (синий - наружная сторона мембраны, зеленый - внутренняя, красный - внутри мембраны), на втором - вероятность, с которой каждый участок может быть отнесен к наружной или внутренней стороне мембраны, либо к бета-тяжам, расположенным внутри мембраны.
Количество β-тяжей, предсказанных DeepTMHMM (рис.1), совпадает с данными из OPM. При этом в OPM-файле отсутствуют первые 25 аминокислот, которые DeepTMHMMобозначила как Signal, поэтому координаты всех аминокислот сдвинуты на 25. С учетом этой поправки можно сказать, что DeepTMHMM довольно точно предсказала все трансмембранные участки: все они почти полностью перекрываются с участками, отмеченными в OPM (табл.1).
6akf - клаудин-3 (Claudin-3 CLD3_MOUSE, Q9Z0G9) мыши. Участвует в создании плотных контаков между клетками эпителия, позволяя контролировать потоки вещества в межклеточном пространстве. Состоит из двух цепей, одна из которых содержит четыре трансмембранных участка.
Табл.2. Предсказания OPM и DeepTMHM для 6akf.
| Координаты трансмембранных участков из OPM | 4-25 | 76-98 | 117-139 | 161-181 |
| Координаты трансмембранных участков из DeepTMHMM | 9-29 | 81-101 | 116-136 | 160-180 |
Результаты работы программы DeepTMHMM
Рис.2. Предсказания DeepTMHMM: по горизонтали - координаты участков белка, по вертикали на первом графике показано их вероятное расположение (синий - наружная сторона мембраны, зеленый - внутренняя, красный - внутри мембраны), на втором - вероятность, с которой каждый участок может быть отнесен к наружной или внутренней стороне мембраны, либо к альфа-спиралям, расположенным внутри мембраны.
Как видно из таблицы 2, предсказания DeepTMHMM почти полностью совпадают с данными, полученными из OPM.