| Protein name | ID 1 | ID 2 | Score | % Identity | % Similarity | Gaps | Indels |
| Penicillin-binding protein 1A | PBPA_ECOLI | PBPA_BACSU | 768.5 | 20.5% | 32.3% | 520 | 29 |
| Carbamoyl-phosphate synthase | CARB_ECOLI | CARB_BACSU | 2644.5 | 49.8% | 69.0% | 19 | 11 |
| Formamidopyrimidine-DNA glycosylase | FPG_ECOLI | FPG_BACSU | 486.5 | 39.5% | 54.8% | 17 | 5 |
| Protein name | ID 1 | ID 2 | Score | % Identity | % Similarity | Gaps | Indels | Coverage 1 | Coverage 2 |
| Penicillin-binding protein 1A | PBPA_ECOLI | PBPA_BACSU | 776.5 | 26.4% | 41.6% | 267 | 26 | 94.48% | 74.82% |
| Carbamoyl-phosphate synthase | CARB_ECOLI | CARB_BACSU | 2644.5 | 49.8% | 69.3% | 19 | 10 | 99.16% | 99.07% |
| Formamidopyrimidine-DNA glycosylase | FPG_ECOLI | FPG_BACSU | 487.5 | 39.9% | 55.4% | 15 | 4 | 96.40% | 98.20% |
Результаты глобального и локального выравниваний отличаются незначительно. У пары белков с мнемоникой PBPA разное покрытие (94.48% y E.coli и 74.82% y B.subtilis), что может свидетельствовать либо об отсутствии какого-то домена, либо о наличии специфичной для вида вставки. Возможно, они не являются гомологичными, если делать выводы, опираясь на глобальное выравнивание.
Про пару CARB_ECOLI и CARB_BACSU можно сказать, что они являются гомологичными. Большой Score, почти полное покрытие последовательностей и высокие Identity Similarity являются в этом случае показателями.
Белки FPG_ECOLI и FPG_BACSU могут быть гомологичными. Низкий Score относительно других пар белков, приведённых выше, объясняется маленькой длиной последовательности. При этом проценты покрытия почти максимальные.
| Algorithm | ID 1 | ID 2 | Score | % Identity | % Similarity | Gaps | Indels | Coverage 1 | Coverage 2 |
| needle | AMPN_ECOLI[1] | ADHA_BACSU[2] | 20.5 | 7.9% | 13.5% | 689 | 26 | - | - |
| water | AMPN_ECOLI | ADHA_BACSU | 52.5 | 21.6% | 37.4% | 49 | 12 | 19.31% | 46.99% |
[1] - Aminopeptidase N
[2] - Probable formaldehyde dehydrogenase AdhA
Выравнивания показывают низкие значения Similarity и Identity подтверждает неродственность этих белков.
Очень низкий Score (20.5) и большое количество гэпов (689) в глобальном выравнивании показывают, что выравнивание не имеет биологического смысла.
Мнемоника: PBPA
Рекомендованное полное имя белка: Penicillin-binding protein 1A
Результат поиска по UniProt: 53
Выбраны белки: PBPA_BACSU, PBPA_ECOLI, PBPA_MYCTU, PBPA_CLOTE, PBPA_STRR6, PBPA_HAEIN, PBPA_NEIGO
Комада для выравнивания: Muscle with Defaults
Более консервативные участки: на участках 543-585, 615-648, 676-717 наблюдается высокий уровень сходства; 859-864 (исключая 863) - замена только у Mycobacterium tuberculosis (PBPA_MYCTU) на позициях 859 и 864.
Менее консервативные участки: 396-490, 1074-1222
Белки - гомологи, но на некоторых участках наблюдаются длинные гэпы у пяти или шести белков. У Mycobacterium tuberculosis часто наблюдаются отклонения от общего паттерна.