| Protein name | ID 1 | ID 2 | Score | % Identity | % Similarity | Gaps | Indels |
| Penicillin-binding protein 1A | PBPA_ECOLI | PBPA_BACSU | 1120.5 | 48.3% | 62.7% | 24 | 18 |
| Carbamoyl-phosphate synthase | CARB_ECOLI | CARB_BACSU | 1450.2 | 56.1% | 71.4% | 15 | 12 |
| Formamidopyrimidine-DNA glycosylase | FPG_ECOLI | FPG_BACSU | 980.3 | 43.8% | 59.2% | 31 | 22 |
| Protein name | ID 1 | ID 2 | Score | % Identity | % Similarity | Gaps | Indels | Coverage 1 | Coverage 2 |
| Penicillin-binding protein 1A | PBPA_ECOLI | PBPA_BACSU | 1049.8 | 47.12% | 61.3% | 18 | 14 | 92.38% | 89.72% |
| Carbamoyl-phosphate synthase | CARB_ECOLI | CARB_BACSU | 1381.2 | 54.81% | 70.1% | 12 | 9 | 95.23% | 94.64% |
| Formamidopyrimidine-DNA glycosylase | FPG_ECOLI | FPG_BACSU | 920.1 | 42.28% | 57.9% | 25 | 19 | 88.09% | 86.54% |
Белки демонстрируют разные уровни гомологии: пара белков PBPA, так же, как и FPG гомологична частично, хоть процент идентичности выше 25%. Белок CARB - полная гомология по всей длине последовательности.
В белке PBPA локальное выравнивание выявляет консервативный участок. Также, локальное выравнивание у FPG лучше показывает гомологию на N-концевом домене.
| Algorithm | ID 1 | ID 2 | Score | % Identity | % Similarity | Gaps | Indels | Coverage 1 | Coverage 2 |
| needle | GAPDH_ECOLI[1] | ADH_BACSU [2] | 210.5 | 12.3% | 15.7% | 45 | 9 | - | - |
| water | GAPDH_ECOLI | ADH_BACSU | 180.2 | 15.7% | 20.1% | 38 | 7 | 25.8% | 22.4% |
[1] - Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase
[2] - алкогольдегидрогеназа
Выравнивания показывают низкие значения сходства (Similarity) и идентичности (Identity): 15.7-20.1% и 12.3-15.7% соответственно. Это подтверждает неродственность этих белков.
Локальное выравнивание показало более высокие проценты сходства и идентичности, что может указывать на наличие небольших локальных участков сходства.
В обоих выравниваниях много гэпов и инделей, что характерно для неродственных белков.
Мнемоника: PBPA
Рекомендованное полное имя белка: Penicillin-binding protein 1A
Результат поиска по UniProt: 53
Выбраны белки: PBPA_BACSU, PBPA_ECOLI, PBPA_MYCTU, PBPA_STAAU, PBPA_STRR6, PBPA_HAEIN, PBPA_NEIGO
Комада для выравнивания: Muscle with Defaults
Гиперссылка на файл с проектом Jalview
Более консервативные участки: 60-280
Менее консервативные участки: 370-490
Белки - гомологи, но на некоторых участках наблюдаются длинные гэпы у шести белков, и полноценная последовательность у ещё одного.