Практикум 7  
 

Практикум 3

1. Характеристики A, B и Z форм ДНК

gatc-a.pdb

gatc-b.pdb

gatc-z.pdb

Параметр A-форма B-форма Z-форма
Тип спирали Правая Правая Левая
Шаг спирали (Å) 25.6 33.8 42.8
Число оснований на виток 11 10 12
Ширина большой бороздки 17.0 20.6 18.3
Ширина малой бороздки 8.0 13.2 7.2

2. Исследование экспериментальной структуры 1g59 (цепи D, E, F)

Был выбран тимин (DT) в составе ДНК-РНК гибрида

Для него было определено, что в сторону большой бороздки обращены атомы: C4, C5, C6, C7, O4, а в сторону малой - N1, O2, C2, N3

Координаты стеблей:

акцепторный стебель T-стебель антикодоновый стебель D-стебель
1-7:72-66 49-53:65-61 38-44:32-26 10-13:25-22

Также были определены неканонические пары оснований и водородные связи вне стеблей.

Неканонические пары оснований: [2:71], [54:58], [55:17], [32:38], [44:26], [13:22], [8:46], [14:21], [15:48]

Водородные связи вне стеблей: [54:58], [55:17], [8:46], [14:21], [15:48], [18:56], [19:56]